结论前置：女方怀孕三个月时，男方一般不能起诉离婚，但存在例外情况。

一、一般情况：男方不得提出离婚

根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条的规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚。这一规定主要是为了保护处于特殊生理时期的妇女权益，避免其在身体和心理较为脆弱时遭受离婚的冲击。在女方怀孕三个月这个阶段，男方若提起离婚诉讼，法院通常不会受理，除非符合法律规定的例外情形。

二、例外情况：男方可以提出离婚

尽管有上述一般规定，但也存在两种例外情况，使得男方在女方怀孕期间可以提出离婚：

1. 女方提出离婚：

   • 如果女方在怀孕期间主动提出离婚，法律尊重其意愿，并允许启动离婚程序。这通常意味着女方已经过慎重考虑，并具备一定的自主性和应对能力。在这种情况下，男方虽然原本不得提出离婚，但女方提出后，双方可以就离婚相关事宜进行协商或诉讼。

2. 人民法院认为确有必要受理男方离婚请求：

   • 这种情况较为少见，但确实存在。如果女方怀孕系与他人通奸所致，或者女方存在其他严重过错，如重婚、虐待、遗弃家庭成员等，且这些行为给男方造成了极大的精神伤害和痛苦，导致夫妻感情彻底破裂且无法挽回，人民法院可能会认为确有必要受理男方的离婚请求。此外，如果双方矛盾尖锐且不可调和，继续维持婚姻关系会对女方的身心健康造成严重威胁，法院也可能考虑受理男方的离婚请求。

三、法律建议与后续行动

• 协商解决：如果夫妻双方确实存在无法调和的矛盾，建议首先尝试通过协商解决问题。双方可以就离婚意愿、子女抚养、财产及债务处理等事项进行协商，并达成一致意见后，共同到婚姻登记机关申请离婚登记。
• 寻求法律帮助：如果协商无果，或者男方认为存在法律规定的例外情形，可以向我咨询具体的法律程序和证据要求。作为专业律师，我可以根据双方的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
• 关注子女权益：在离婚过程中，无论男方还是女方，都应特别关注子女的权益。根据法律规定，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。

最后，女方怀孕三个月时男方能否起诉离婚，需根据具体情况和法律规定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。