协议管辖不适用于支付令程序。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、支付令程序的性质与管辖规定

支付令程序是一种督促程序，属于非讼程序范畴。其设计初衷是为了快速、简便地解决事实清楚、债权债务关系明确且合法的金钱或有价证券给付纠纷。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人申请支付令时，应由债务人住所地的基层人民法院管辖。这一规定具有法定性，意味着支付令程序的管辖法院是确定的，不允许当事人通过协议来变更。

二、协议管辖的适用范围与限制

协议管辖，又称约定管辖，是指双方当事人在合同纠纷或其他财产权益纠纷发生之前或之后，以协议的方式选择解决他们之间纠纷的管辖法院。然而，协议管辖的适用并非无限制的，它必须满足以下条件：

1. 适用范围：仅适用于合同纠纷或其他财产权益纠纷，如买卖合同、租赁合同、借款合同等因物权、知识产权中的财产权而产生的纠纷。涉及人身关系的纠纷，如婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷等，不适用协议管辖。
2. 形式要求：必须采用书面形式，可以是合同中的管辖条款，也可以是单独订立的管辖协议。口头约定无效。
3. 选择法院范围：当事人可以在被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院中选择管辖法院。但所选择的法院必须是明确、唯一的，不能同时选择两个或两个以上的法院。
4. 不违反级别管辖和专属管辖：协议管辖不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，专属管辖具有排他性，如因不动产纠纷提起的诉讼由不动产所在地人民法院管辖，当事人不能通过协议排除专属管辖的适用。

在支付令程序中，由于管辖法院已经由法律明确规定，且支付令程序追求的是高效性和确定性，因此不允许当事人通过协议来变更管辖法院。若允许协议管辖，将可能引发管辖的不确定性，增加程序的复杂性和时间成本，从而违背支付令程序快速解决纠纷的初衷。

三、支付令程序的申请与受理

债权人在申请支付令时，应严格按照法律规定向有管辖权的基层人民法院提出申请。申请时需提交相关证据材料，证明债权债务关系的存在以及债务人未履行给付义务的事实。法院在收到申请后，将依法进行审查，并在符合法定条件的情况下发出支付令。

四、法律建议

对于债权人而言，在申请支付令时，应仔细了解相关规定，确保向有管辖权的法院提出申请。同时，债权人也应了解支付令程序的特点和规则，以确保自身权益得到有效保障。若遇到复杂的债权债务纠纷，建议直接向我咨询，以获取更具体的法律建议和帮助。

综上所述，协议管辖不适用于支付令程序。债权人在申请支付令时，应严格按照法律规定向债务人住所地的基层人民法院提出申请。