海外代购商店代购药品的合法性取决于多个因素，包括代购目的、药品数量、是否依法纳税以及是否遵守相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
- 个人自用且数量合理：如果海外代购商店代购的药品是用于个人自用，且数量在合理范围内（如未超过海关规定的限额），这种代购行为通常不涉及商业目的，是合法的。但需注意，即使是个人自用，如果数量或价值超出合理范围，也可能面临法律风险。
- 依法纳税：如果代购商店按照法律规定对购买的药物缴纳了相应的税款，并且遵守了其他相关法律法规，如药品管理、进出口管理等，其代购行为也是合法的。
- 特定情况下的宽容度：新修订的《药品管理法》对个人自用且数量合理的海外药品代购行为给予了一定的宽容度，规定情节较轻的可以依法减轻或者免于处罚。但这一宽容度并不适用于商业性质的代购行为。
违法情况
- 未经批准进口药品：依据《中华人民共和国药品管理法》，未经国务院药品监督管理部门批准进口的药品属于“未经批准进口的药品”，按假药论处（个人自用、合理数量的除外）。如果代购商店大量代购药品，远超个人自用合理范围，可能会触犯法律，面临刑事处罚。
- 走私行为：若代购商店逃避海关监管，故意隐瞒、虚报或者采用其他方式携带大量国外药品进境，偷逃应缴税额达到一定标准，可能构成走私普通货物、物品罪。即使代购的药物是用于销售（但数量和价值未超过规定限额且未缴税的情况除外），也可能因走私行为而面临法律制裁。
- 非法经营：如果代购商店没有取得药品经营许可证等相关资质，却从事药品销售盈利活动，属于非法经营药品行为。这严重扰乱了药品市场的正常秩序，损害了消费者的权益，会面临法律制裁。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的，可能构成非法经营罪。
总结与建议：
海外代购商店代购药品的合法性需根据具体情况判断。为了避免法律风险，建议代购商店在进行海外药物代购前详细了解相关法律法规，确保自己的行为符合法律规定。具体来说，应确保代购药品用于个人自用且数量合理、依法纳税、取得相关经营资质（如果构成商业经营行为）、确保商品来源和质量合法合规。同时，患者也应通过正规渠道购买药品，以确保药品的安全性和可靠性。
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