误工费赔偿在计算时，应扣除公司已发放的部分，以确保赔偿金额准确反映受害人实际减少的收入。以下是对这一问题的详细分析：

一、误工费的本质与计算原则

误工费是对受害人因遭受伤害而无法正常工作所导致的收入减少这一实际损失的赔偿。其目的在于填补受害人因此遭受的经济损失，尽可能使受害人的经济状况恢复到未受伤前的状态。根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条，误工费是按照受害人实际减少的收入来计算的。这是误工费计算的基本原则，也是判断是否应扣除公司发放部分的关键依据。

二、具体情况下误工费的处理

1. 有固定收入情况

   • 公司正常发放工资：如果受害人在受伤期间，公司按照正常工资标准全额发放了工资，即受害人的实际收入并未因受伤而减少，那么侵权人无需支付误工费赔偿，因为此时没有实际收入损失。
   • 公司发放部分工资：若公司在受害人受伤期间只发放了部分工资，如基本工资而扣除了奖金、绩效等，导致受害人实际收入减少，则误工费赔偿应补偿这部分减少的收入。具体来说，应扣除公司已发放的部分后，对差额部分进行赔偿。例如，受害人正常月收入为8000元，受伤期间公司发放了4000元，则每月误工费赔偿额为4000元。

2. 无固定收入情况

   • 能够证明最近三年平均收入：受害人若能证明自己最近三年的平均收入状况，误工费将按此计算。若在此期间有部分收入（如兼职收入），应从计算出的误工费总额中扣除这部分已获得的收入。
   • 不能证明最近三年平均收入：若受害人无法证明自己最近三年的平均收入，则可参照受诉法院所在地相同或相近行业上一年度职工的平均工资计算误工费。同样，若在此期间有其他收入进账，也应从按照行业平均工资计算出的误工费中予以扣除。

三、特殊情况处理

在特殊情况下，如公司虽然发放了工资但金额低于受害人正常工作时的收入水平，受害人有权主张差额部分的误工费。此外，如果受害人因伤害导致未来收入能力下降或丧失，还可以依法主张相应的残疾赔偿金或一次性就业补助金等。

四、法律依据

• 《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条明确规定，误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间根据受害人接受治疗的医疗机构出具的证明确定。受害人因伤致残持续误工的，误工时间可以计算至定残日前一天。受害人有固定收入的，误工费按照实际减少的收入计算。受害人无固定收入的，按照其最近三年的平均收入计算；受害人不能举证证明其最近三年的平均收入状况的，可以参照受诉法院所在地相同或者相近行业上一年度职工的平均工资计算。

综上所述，误工费赔偿在计算时确实应扣除公司发放的部分，这是基于误工费的计算原则和实际收入损失的补偿需求。这样的处理方式既符合法律规定，也能确保受害人得到公平合理的赔偿。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。