结论：当客户欠款但公司已注销时，要获取注销证明，一般应向公司登记机关（如市场监督管理局）申请调取，同时，针对欠款问题，需根据公司的注销情况（是否清算、股东是否履行出资义务等）来确定责任主体并追讨欠款。以下为详细分析：
一、如何获取公司注销证明
申请调取主体：
- 通常情况下，任何与公司有利害关系的人，包括债权人（即欠款方），都有权向公司登记机关申请调取公司的注销证明及相关档案资料。
申请调取流程：
- 前往公司登记机关（如当地的市场监督管理局）的档案查询窗口或线上查询平台。
- 提交查询申请，说明查询目的（如追讨欠款、了解公司注销情况等）及身份证明文件。
- 缴纳查询费用（如有），并等待登记机关出具注销证明或相关档案资料。
二、公司注销后欠款的追讨问题
公司已清算并注销：
- 如果公司在注销前已经进行了清算，并清偿了所有债务，那么原则上，公司注销后，其债务也随之消灭。此时，您可能无法再向公司追讨欠款。
- 但如果清算过程中存在瑕疵，如未通知债权人、未依法清算等，您可能仍有权向清算组成员或相关责任人追讨欠款。
公司未清算或清算不彻底即注销：
- 如果公司未依法进行清算或清算不彻底即注销，根据《公司法》及相关司法解释的规定，您有权向公司的股东、董事、控股股东、实际控制人等责任主体追讨欠款。
- 特别是当股东未履行或未全面履行出资义务时，您有权要求其在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。
具体追讨步骤：
- 收集证据：包括借款合同、转账记录、聊天记录等证明欠款事实的证据。
- 确定责任主体：根据公司的注销情况，确定应向谁追讨欠款（如清算组成员、股东等）。
- 发送律师函或提起诉讼：向责任主体发送律师函，要求其履行还款义务；若对方拒不履行，可向法院提起诉讼，通过法律途径追讨欠款。
三、建议与注意事项
- 及时行动：一旦发现公司注销且存在欠款未还的情况，应尽快采取行动，以免因时间拖延而导致证据灭失或责任主体难以确定。
- 专业咨询：在追讨欠款过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。
- 保留证据：务必妥善保管所有与欠款相关的证据，以便在需要时提供证明。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。