若发现民宿中有犯罪嫌疑人入住，您应当立即采取以下措施，以确保自身安全并配合司法机关工作：

1. 确保自身及他人安全
   首先，保持冷静，避免直接与犯罪嫌疑人发生冲突或对抗。若怀疑其可能携带危险物品或存在暴力倾向，应迅速撤离至安全区域，并提醒其他住客注意隐蔽。若情况紧急（如嫌疑人正在实施犯罪），可立即拨打110报警，并清晰说明民宿地址、嫌疑人特征及行为。

2. 核实信息并保留证据
   在确保安全的前提下，尝试通过合法途径核实嫌疑人身份（如查看其登记的身份证信息是否与警方通缉信息匹配），但切勿擅自搜查或扣押嫌疑人物品，这可能涉嫌非法拘禁或侵犯公民个人信息。同时，保留嫌疑人入住登记记录、监控录像等证据，以便后续向公安机关提供。

3. 立即向公安机关报告
   根据《刑事诉讼法》第84条，任何单位和个人发现有犯罪事实或犯罪嫌疑人，都有权利也有义务向公安机关报案或举报。您应第一时间联系当地派出所或拨打110，如实说明情况，并配合警方调查。若嫌疑人已离开民宿，需提供其去向线索（如车辆信息、同行人员等）。

4. 配合司法机关后续调查
   警方介入后，您需配合提供住宿登记记录、监控录像等材料，并如实陈述所见所闻。若嫌疑人曾透露犯罪计划或留下相关物品，需全部交由警方处理，切勿私自销毁或隐藏，否则可能涉嫌包庇罪（《刑法》第310条）。

5. 法律风险提示

   • 若您明知嫌疑人是犯罪人员仍为其提供隐藏处所、财物，或帮助其逃匿，可能构成包庇罪，面临三年以下有期徒刑、拘役或管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。
     
   • 若因未及时报案导致犯罪后果扩大，您可能因未履行公民义务而承担相应责任（如民事赔偿或行政处罚），但一般不构成刑事犯罪。

总结：发现犯罪嫌疑人后，安全第一，立即报警，配合调查，避免直接干预。若您在处理过程中遇到法律疑问或需进一步指导，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业建议。