若在经侦调查过程中合同原件被销毁，首先需明确的是，合同原件的销毁并不必然导致法律权益的丧失，但确实可能给后续的法律程序带来一定挑战。针对这一情况，可以从以下几个角度进行处理：

1. 立即采取补救措施：

   • 收集其他证据：尽管合同原件被销毁，但应尽快收集与合同相关的其他证据，如合同副本、电子邮件往来、短信记录、转账凭证、履行合同的书面或电子记录等。这些证据可以在一定程度上证明合同的存在及其内容。
   • 证人证言：如果可能，寻找与合同签订或履行过程相关的证人，并获取他们的证言。证人证言可以作为辅助证据，增强案件的说服力。

2. 向经侦部门说明情况：

   • 及时沟通：在发现合同原件被销毁后，应立即与负责调查的经侦部门取得联系，说明情况，并提供已收集到的其他证据。
   • 配合调查：积极配合经侦部门的调查工作，按照他们的要求提供进一步的证据或信息。

3. 考虑法律救济途径：

   • 申请证据保全：如果担心其他证据也可能面临灭失的风险，可以向法院申请证据保全，以确保关键证据的完整性和安全性。
   • 提起民事诉讼或刑事控告：根据案件的具体情况，如果认为有必要，可以向法院提起民事诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失；如果涉及刑事犯罪，如合同诈骗等，可以向公安机关提出刑事控告。

4. 预防未来风险：

   • 完善合同管理：在未来的业务活动中，应建立完善的合同管理制度，确保合同原件的安全保存，并备份重要合同文件。
   • 增强法律意识：加强员工的法律培训，提高他们对合同重要性的认识，以及合同签订、履行和保管过程中的法律风险防范意识。

在处理此类情况时，务必保持冷静，及时采取行动，并寻求专业法律支持以确保自身权益得到最大程度的保护。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。