合作研发确实可以和关联公司进行，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从多个角度对此问题进行分析：

一、法律允许性

从法律层面来看，合作研发本身并不限制合作方的身份，只要各方具备合法的主体资格，且合作内容不违反法律法规的强制性规定，就可以进行合作研发。关联公司作为具有独立法人资格的主体，同样可以成为合作研发的伙伴。

二、关联交易与公平性

1. 关联交易的定义：关联交易是指关联方之间转移资源或义务的行为，而不论是否收取价款。在合作研发中，如果涉及关联公司，那么这种合作就可能构成关联交易。
2. 公平性要求：关联交易应当遵循公平、公正、公开的原则，确保交易条件的合理性和公平性。在合作研发中，这意味着各方应当按照各自的贡献和投入来分配研发成果和收益，避免一方利用关联关系损害另一方的利益。
3. 法律后果：如果关联交易违反了公平性原则，损害了公司或其他股东的利益，那么相关方可能需要承担法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。

三、合同条款与风险防控

1. 明确合作内容：在合作研发合同中，应当明确各方的权利和义务，包括研发目标、研发计划、投入资源、研发成果分配等关键条款。
2. 风险防控机制：为了降低合作风险，合同中可以设置风险防控机制，如设立共同账户管理研发资金、定期审计研发进度和财务状况、约定争议解决方式等。
3. 保密条款：由于合作研发可能涉及商业秘密或技术秘密，因此合同中应当包含保密条款，明确各方的保密义务和违约责任。

四、实际操作建议

1. 尽职调查：在与关联公司进行合作研发前，应当对关联公司的资质、信誉、财务状况等进行尽职调查，确保其具备合作研发的能力和条件。
2. 内部审批：如果合作研发涉及公司重大利益或关联交易，应当按照公司章程或相关法律法规的规定进行内部审批，确保决策的合法性和合规性。
3. 法律咨询：在合作研发过程中，如果遇到法律问题或争议，应当及时咨询专业律师，获取法律意见和解决方案。

总结来说，合作研发可以和关联公司进行，但需确保交易的公平性、明确合同条款、设置风险防控机制，并在实际操作中遵循相关法律法规和公司章程的规定。如果你有具体的合作研发项目或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。