结论：不履行支付工资申请强制执行时，公司员工欠公司款项的情况，一般不影响强制执行的效力，公司仍需支付员工工资，但公司可通过法律途径向欠款的员工追偿。
详细分析：
强制执行的法律基础：
- 当公司不履行支付工资的义务时，员工有权向法院申请强制执行。这是基于《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司必须按时足额支付员工工资，否则将面临法律责任。
公司员工欠款与公司支付工资的关系：
- 公司员工欠公司款项，这是员工与公司之间的另一法律关系，与员工要求公司支付工资是两个独立的法律问题。公司不能因为员工欠其款项而拒绝支付员工工资。
- 公司的资产和负债是分开的，公司欠员工的工资是公司的负债，而员工欠公司的款项是公司的资产（或应收款项）。这两者在法律上不能相互抵销，除非双方达成书面协议并符合法律规定。
强制执行的效果：
- 一旦法院裁定强制执行，公司必须履行支付工资的义务，否则可能面临法院的进一步处罚，如罚款、查封财产等。
- 强制执行并不因公司员工欠公司款项而停止或失效。公司的内部财务问题不能成为拒绝支付员工工资的理由。
公司对欠款员工的追偿：
- 如果公司员工确实欠公司款项，公司可以通过法律途径（如提起民事诉讼）向该员工追偿。
- 在追偿过程中，公司需要提供充分的证据证明员工欠款的事实和金额，并遵循法律程序进行追偿。
建议与行动：
- 对于员工：如果公司不履行支付工资的义务，应尽快向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
- 对于公司：应尽快支付员工工资，避免法律纠纷和可能的法律责任。如果公司员工确实欠款，应通过合法途径进行追偿，而不是以此为由拒绝支付员工工资。
可能后果：
- 如果公司拒绝支付工资并试图以员工欠款为由进行抗辩，法院可能会裁定公司败诉，并要求公司立即支付工资及可能的滞纳金或赔偿金。
- 如果公司员工欠款情况属实，但公司未通过合法途径追偿，而是自行扣留员工工资，公司可能面临法律责任，包括但不限于支付员工工资、赔偿员工损失等。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。