结论：行政机关要求律师在调取文件时签订保密协议，这一要求本身并不违法，但协议内容需合法合规；律师签订保密协议后，需严格遵守协议内容，否则可能面临法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、行政机关要求签订保密协议的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国保守国家秘密法》及相关法律法规，行政机关在处理涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私的文件时，有权要求查阅、调取文件的人员签订保密协议，以确保文件内容不被泄露。
- 保密协议是双方自愿达成的，旨在保护特定信息不被泄露的协议。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或他人合法权益，就是合法有效的。
行政机关的权限：
- 行政机关在履行职责过程中，有权根据工作需要，要求律师等查阅、调取文件的人员签订保密协议。这是行政机关维护国家安全、公共利益和他人合法权益的一种合法手段。
二、律师签订保密协议后的义务与责任
保密义务：
- 律师在签订保密协议后，应严格遵守协议内容，对调取的文件内容予以保密，不得泄露给任何未经授权的第三方。
- 保密义务是律师职业道德和执业纪律的基本要求，也是律师维护当事人合法权益和社会公共利益的重要职责。
法律责任：
- 如果律师违反保密协议，泄露了文件内容，可能面临行政机关的处罚，如警告、罚款等。
- 在严重情况下，如果泄露的信息涉及国家秘密或商业秘密，律师还可能面临刑事责任，如构成泄露国家秘密罪或侵犯商业秘密罪等。
三、对律师的建议
审慎签订保密协议：
- 律师在接到行政机关要求签订保密协议的通知时，应仔细阅读协议内容，确保协议内容合法合规，不损害自身及当事人的合法权益。
- 如果对协议内容有疑问或异议，应及时与行政机关沟通协商，寻求合理的解决方案。
严格遵守保密义务：
- 律师在签订保密协议后，应严格遵守保密义务，确保调取的文件内容不被泄露。
- 在处理涉及保密信息的案件时，应采取必要的保密措施，如加密存储、限制访问等，以防止信息泄露。
寻求法律支持：
- 如果律师在履行保密义务过程中遇到困难或问题，应及时寻求法律支持，如咨询其他律师或法律专家，以确保自身权益得到保障。
举例说明：假设一位律师在代理一起涉及商业秘密的案件时，需要到行政机关调取相关文件。行政机关要求律师签订保密协议，承诺对调取的文件内容予以保密。律师在仔细阅读协议内容后，认为协议内容合法合规，且不损害自身及当事人的合法权益，于是签订了保密协议。在后续处理案件过程中，律师严格遵守保密义务，未泄露任何文件内容，成功维护了当事人的合法权益。
进一步思考：律师在处理涉及保密信息的案件时，不仅需要遵守保密协议，还需要时刻保持警惕，防止因疏忽大意而导致信息泄露。同时，律师还应加强自身的法律素养和职业道德修养，提高保密意识和能力，以更好地维护当事人的合法权益和社会公共利益。
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