公安机关在办理未成年在校生刑事案件时，一般情况下应当告知学校，但具体是否告知需根据案件情况、未成年人的年龄、犯罪性质以及是否需要保护未成年人隐私等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定与原则
保护未成年人权益原则：根据《中华人民共和国未成年人保护法》及相关司法解释，公安机关在办理涉及未成年人的案件时，应当充分考虑未成年人的身心特点，保护其合法权益，避免对其造成不必要的伤害。告知学校在一定程度上是为了让学校了解情况，从而在学校层面给予未成年人必要的关怀和帮助，但同时也需注意保护未成年人的隐私。
通知义务与例外：虽然法律没有明确规定公安机关在办理未成年在校生刑事案件时必须告知学校，但根据《刑事诉讼法》及相关司法解释中关于未成年人刑事案件诉讼程序的规定，公安机关在办理此类案件时，有义务通知未成年人的法定代理人到场，并可以根据案件情况决定是否通知其他适当人员或者单位（如学校）到场，以协助做好未成年人的教育、感化、挽救工作。然而，如果告知学校可能会泄露未成年人隐私，或者对未成年人造成不良影响，公安机关则可能选择不告知。
二、实际操作中的考量因素
案件性质与严重程度：如果案件性质较轻，且对未成年人的学业和在校生活影响不大，公安机关可能会考虑告知学校，以便学校能够给予适当的关注和帮助。但如果案件性质严重，或者涉及未成年人隐私的敏感信息，公安机关则可能会更加谨慎地处理告知问题。
未成年人的年龄与心理承受能力：对于年龄较小、心理承受能力较弱的未成年人，公安机关在告知学校时可能会更加谨慎，以避免对其造成过大的心理压力。而对于年龄较大、心理承受能力较强的未成年人，公安机关则可能更倾向于告知学校，以便学校能够与其共同做好教育、感化工作。
学校的态度与配合程度：公安机关在决定是否告知学校时，还会考虑学校的态度与配合程度。如果学校能够积极配合公安机关的工作，共同做好未成年人的教育、挽救工作，那么公安机关可能会更倾向于告知学校。反之，如果学校对此持消极态度或者无法提供有效的帮助，公安机关则可能会选择不告知。
三、法律建议与后续行动
对于公安机关：在办理未成年在校生刑事案件时，应当充分考虑未成年人的权益保护需求，根据案件情况、未成年人的年龄、犯罪性质以及是否需要保护未成年人隐私等多方面因素综合判断是否告知学校。同时，应当加强与学校的沟通与协作，共同做好未成年人的教育、感化、挽救工作。
对于学校：如果接到公安机关的告知或者了解到本校学生涉及刑事案件的情况，应当积极配合公安机关的工作，根据未成年人的具体情况给予必要的关怀和帮助。同时，应当注意保护未成年人的隐私，避免对其造成不必要的伤害。
对于未成年人及其法定代理人：如果未成年人或者其法定代理人对公安机关是否告知学校有疑问或者担忧，可以向公安机关提出咨询或者申请不告知学校。公安机关应当根据实际情况进行答复和处理。
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