结论：村会计和村民一起取钱后直接留下是否违纪，需根据具体情况判断，可能涉及违纪甚至违法。以下从多个角度进行分析：
一、村会计行为的性质判断
职务行为与个人行为：
- 若村会计取钱是履行职务行为，即按照村里规定或授权，为村里事务取钱，那么取钱后应按照规定将款项交回村里财务或相关负责人，直接留下可能构成违纪。
- 若村会计取钱是个人行为，即未经村里授权或同意，私自与村民一起取钱并留下，这可能构成侵占或挪用资金，不仅违纪，还可能违法。
资金性质与用途：
- 若取出的资金是村里集体所有，用于村里公共事务或村民共同利益，村会计直接留下可能损害村里和村民的利益，构成违纪。
- 若取出的资金是村民个人所有，村会计只是陪同或协助取钱，但未经村民同意直接留下，这同样可能构成侵占或不当得利。
二、可能涉及的违纪或违法行为
违纪行为：
- 村会计作为村里财务的管理人员，应遵守村里财务制度和规定。若未经授权或违反规定私自留下取出的资金，可能违反村里财务纪律，受到纪律处分。
违法行为：
- 若村会计取钱后直接留下的行为构成侵占或挪用资金，且数额较大，可能触犯《中华人民共和国刑法》中的相关条款，如侵占罪或挪用资金罪，面临刑事处罚。
- 即使数额不大，若该行为严重损害了村里或村民的利益，也可能构成其他违法行为，如违反《中华人民共和国村民委员会组织法》等相关规定。
三、法律建议与后续行动
对于村会计：
- 应立即停止此类行为，将取出的资金交回村里财务或相关负责人。
- 若已留下资金，应主动向村里说明情况，退还资金，并接受相应的纪律处分。
- 若涉及违法行为，应主动向公安机关投案自首，争取从轻处理。
对于村里或村民：
- 若发现村会计有此类行为，应及时向村里或上级主管部门反映情况，要求调查处理。
- 若涉及金额较大或情节严重，可向公安机关报案，要求追究村会计的法律责任。
- 在处理过程中，应保留好相关证据，如取款记录、转账记录、证人证言等，以便后续维权。
总结：村会计和村民一起取钱后直接留下的行为是否违纪，需根据具体情况判断。若涉及职务行为、村里集体资金或村民个人资金，且未经授权或违反规定私自留下，可能构成违纪甚至违法。因此，建议村会计立即停止此类行为，并主动向村里说明情况、退还资金；村里或村民若发现此类行为，应及时反映情况、要求调查处理，并保留好相关证据以便后续维权。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。