针对“小额多次挪用资金，如何计算超过三个月未还”的问题，结论前置如下：

1. 时间计算标准：挪用资金超过三个月未还的时间计算，应以行为人实际控制资金并脱离单位监管之时为起点，至资金归还到单位账户并恢复单位实际控制之时为截止点，按照自然月计算。
2. 多次挪用处理：若多次挪用资金不还，挪用时间应从第一次挪用资金之日起算，挪用数额累计计算。

详细解释与分析：

一、时间计算标准

1. 起算点：

   • 挪用资金的起始时间，以行为人将资金实际控制并脱离单位财务监管之时为准。这通常意味着，无论是通过转账还是现金形式，资金实际到手的时间即为挪用行为的开始。

2. 截止点：

   • 截止时间是资金归还到单位账户，并恢复单位对资金的实际控制之时。对于银行转账，以到账日期为准；对于现金，则以财务人员实际收到并完成入账手续的时间为准。

3. 计算方法：

   • “三个月”按照自然月来计算，从挪用行为发生的当日起算至归还之日止。例如，若挪用行为发生在1月1日，则归还日期应在4月1日之前（含4月1日），否则即构成超过三个月未还。

二、多次挪用处理

1. 挪用时间计算：

   • 若多次挪用资金不还，挪用时间应从第一次挪用资金之日起算。这意味着，无论后续挪用多少次，只要第一次挪用的资金在三个月内未归还，即构成挪用资金罪的一种情形。

2. 挪用数额累计：

   • 多次挪用资金的，挪用数额应累计计算。即，将每次挪用的资金数额相加，作为总的挪用数额进行认定。

3. 特殊情形：

   • 若用后次挪用的资金归还前次挪用的资金，挪用时间仍从第一次挪用资金之日起算，至最后一次挪用资金归还前次的时间为止。此时，挪用数额以案发时未还的实际数额认定。

三、实际应用中的注意事项

1. 证据保存：

   • 在实际操作中，判断挪用资金是否构成犯罪，需结合具体的案情和相关证据来进行综合判断。因此，行为人应妥善保存与挪用资金相关的所有证据，如转账记录、现金收据、单位财务记录等。

2. 法律后果：

   • 挪用资金归个人使用，数额较大且超过三个月未还的，即构成挪用资金罪的一种情形。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪可处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。

3. 专业咨询：

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示例说明：

假设某员工在1月1日挪用了单位资金1万元，并在2月1日再次挪用了5000元，且两次挪用的资金均未在三个月内归还。在此情况下，挪用时间应从1月1日起算，挪用数额应累计计算为1.5万元。若至4月1日仍未归还，则该员工即构成挪用资金罪的一种情形。