在营运车辆发生交通事故后，关于营运损失的赔偿问题，这确实是一个涉及多个法律知识点和实际情况的复杂议题。以下是我为您提供的详细、清晰的解答：
一、赔偿主体与责任划分
保险公司赔偿：
- 交强险：交强险主要保障交通事故受害人获得基本赔偿。若营运损失被认定为直接财产损失，并且在交强险的财产损失赔偿限额（通常是2000元）之内，那么保险公司应当承担赔偿责任。
- 商业第三者责任险：商业三者险的赔偿范围则取决于保险合同的约定。如果合同中明确将营运损失列为间接损失并免责，且保险公司已经按照规定进行了提示和说明，那么保险公司可能不承担赔偿责任。反之，如果合同没有这样的免责条款，或者保险公司未能充分提示和说明，那么保险公司仍需赔偿营运损失。
侵权人赔偿：
- 如果保险公司不承担营运损失的赔偿，那么这部分损失将由侵权人承担。例如，在您主责的情况下，您需要按照责任比例赔偿对方营运车辆的营运损失，这包括维修期间的停运损失等。双方可以首先尝试协商解决，如果协商不成，可以通过法律途径解决。
二、特殊情况下的赔偿
司机本人全责：
- 如果营运车辆的司机因违反交通规则或驾驶不当导致事故，并且被认定为全责，那么营运损失通常由司机本人承担。在这种情况下，保险公司通常不会赔偿营运损失。
责任不明或双方有责：
- 如果事故责任无法明确划分，或者双方都有责任，那么营运损失可能根据具体情况进行分摊。这需要根据法律法规和实际情况进行综合判断。
三、赔偿范围与计算
赔偿范围：
- 营运损失的赔偿范围通常包括停运期间的收入损失以及因事故产生的额外费用，如租赁替代车辆的费用等。这些损失必须是合理且必要的，并且需要有充分的证据支持。
计算方法：
- 营运损失的具体数额可以通过司法鉴定来确定。此外，您还可以提供近期的营运收入记录、税务证明等作为证据来支持您的赔偿请求。如果无法提供这些证据，可以参考当地同行业的平均收入标准来计算。
四、建议与注意事项
- 在处理此类问题时，建议您首先仔细分析事故责任、保险条款以及特殊情况，以确定赔偿主体和责任划分。
- 准备充分的证据材料是支持赔偿请求的关键。请确保您有营运合同、收入证明、运输记录、维修发票等相关证据。
- 如果您对赔偿问题有任何疑问或不确定之处，建议咨询法律专业人士或机构以获取专业指导。
综上所述，营运车辆交通事故中的营运损失赔偿问题需要根据事故责任、保险情况及特殊情况综合考虑。在处理此类问题时，请务必谨慎分析并准备充分的证据材料以支持您的赔偿请求。