结论：是否需要还本金，取决于借条中约定的利息是否合法以及已支付的利息是否超过了法定上限。若已支付的利息未超过法定上限，则仍需偿还本金；若已支付的利息超过了法定上限，超过部分可能被抵扣本金或视为无效，但本金仍需在合理范围内偿还。
分析说明：
利息合法性判断：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若借条中约定的“每天一百利息”换算成年利率后超过了这一上限，则超出部分的利息约定无效。
- 假设借款本金为3000元，每天利息100元，则年利率高达约1216.67%（100元/天 × 365天 / 3000元），远超法定上限，因此超出部分的利息约定无效。
已支付利息的处理：
- 若已支付的9000元利息未超过法定上限对应的利息总额，则借款人仍需偿还剩余本金。
- 若已支付的9000元利息中，有部分超过了法定上限，则超过部分可能被抵扣本金或视为无效。具体来说，法院可能会根据实际情况，将超过部分的利息从已支付总额中扣除，剩余部分视为偿还本金，或者将超过部分的利息直接抵扣本金，从而减少借款人仍需偿还的本金数额。
本金偿还义务：
- 无论利息约定是否合法，借款人都负有偿还本金的义务。利息的合法性只影响利息的支付，不影响本金的偿还。
- 在利息约定不合法的情况下，借款人仍需在合理范围内偿还本金，即扣除已支付的有效利息（未超过法定上限的部分）后，剩余的本金数额。
计算公式与示例：
- 假设法定年利率上限为15.4%（以当前一年期LPR的四倍为例，实际数值可能随时间变化），则3000元本金一年的合法利息为：3000元 × 15.4% = 462元。
- 若已支付9000元利息，则超出部分为：9000元 - 462元 = 8538元。这部分超出利息可能被抵扣本金或视为无效。
- 假设全部超出利息均抵扣本金，则剩余本金为：3000元 - 8538元中可抵扣的部分（实际上，由于本金只有3000元，所以超出利息会全部或部分视为已偿还本金的效果，具体需由法院根据实际情况判决）。更合理的处理方式是，将超出利息从已支付总额中扣除，视为借款人已支付了462元合法利息，并额外支付了8538元（这部分可能被视为提前偿还本金或需法院进一步判决处理），但借款人仍需至少偿还剩余本金（若8538元未完全抵扣本金的话）或无需再偿还本金（若8538元完全抵扣了本金及可能的其他费用后还有剩余，但这种情况在实际中较少见，因为通常本金加合法利息会超过已支付的超出利息部分）。
- 简化处理：在实际操作中，法院可能会直接判决借款人偿还剩余本金（扣除已支付的有效利息后），并可能对超出利息部分进行相应处理（如抵扣本金、返还给借款人或视为无效等）。
行动建议：
- 建议借款人仔细审查借条条款，特别是利息约定部分，确保利息合法。
- 若已支付的利息超过法定上限，建议与出借人协商，尝试达成和解或调整还款计划。
- 若协商无果，建议借款人及时咨询专业律师，了解自身权益，并考虑通过法律途径解决纠纷。
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