核心结论：公司评标保证金交少了，需根据具体情况采取补救措施，主要分为及时补缴、与招标方协商、承担不利后果三种处理方式。以下分情况详细说明：

1. 及时补缴保证金
   若评标尚未开始或处于初审阶段，公司发现保证金金额不足时，应立即联系招标方（如招标代理机构或招标人），说明情况并按照招标文件要求的金额补足差额。根据《招标投标法实施条例》第二十六条，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%，且需在投标截止时间前到达指定账户。补缴后需留存转账凭证，确保符合招标文件的时间要求。

2. 与招标方协商处理
   若评标已进入评审阶段或保证金补缴时间已过，公司需主动与招标方沟通，提交书面说明（如财务操作失误、系统故障等客观原因），并承诺承担可能的不利后果（如被否决投标、扣分等）。部分招标方可能基于公平原则允许补缴，但需以招标文件或招标方书面同意为准。若协商无果，需接受招标方的处理决定。

3. 承担不利法律后果
   若招标文件明确规定“保证金不足视为无效投标”或“按废标处理”，且公司未在规定时间内补缴，则可能面临投标被否决、保证金不予退还（若已缴纳部分）、甚至被记录不良信用等后果。根据《招标投标法》第六十条，投标人弄虚作假或违反规定的，可能被处以罚款、取消投标资格等行政处罚。

建议行动步骤：

1. 立即核对招标文件关于保证金的条款（金额、缴纳时间、账户信息）；
   
2. 联系招标方确认当前评标阶段及补缴可能性；
   
3. 尽快补缴差额并留存凭证，同步提交书面说明；
   
4. 若已无法补缴，评估损失并准备后续投标或维权方案。
   

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我将结合具体招标文件条款为您提供法律分析。