合法拖拉机在注册登记后，是会核发机动车登记证书的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，拖拉机作为农业机械的一种，其注册登记和管理是受到相关法律法规严格规范的。根据《农业机械安全监督管理条例》以及《拖拉机和联合收割机登记规定》等法规，拖拉机在投入使用前，其所有人需要按照相关规定，持本人身份证明和机具来源证明，向所在地县级人民政府农业机械化主管部门申请登记。

在申请登记的过程中，拖拉机需要经过安全技术检验，确保其质量和性能符合相关标准。一旦检验合格，农业机械化主管部门就会在规定的时间内（通常是2个工作日内）予以登记，并核发相应的证书和牌照。这里的“相应的证书”就包括了机动车登记证书，它是拖拉机合法上路和进行其他相关操作的重要凭证。

此外，拖拉机在使用期间如果发生登记事项变更，如所有权转移、登记内容变更等，其所有人也需要按照相关规定申请变更登记。在变更登记的过程中，同样会涉及到机动车登记证书的更新或换发。

具体来说，申请拖拉机注册登记需要满足以下条件：

1. 拖拉机来源合法、有效，即需要提供购置发票等来历证明；
2. 拖拉机经过安全技术检验合格，确保其质量和性能符合相关标准；
3. 对于上道路行驶的拖拉机，还需要办理交通事故责任强制保险。

申请时需要提交的材料包括：

1. 农业机械所有人的身份证明；
2. 农业机械购置发票等来历证明；
3. 农业机械出厂合格证明或者进口农业机械进口凭证；
4. 法律、法规规定应当提交的其他证明、凭证。

在提交申请材料并经过审核后，如果符合登记条件，农业机械化主管部门就会核发机动车登记证书和牌照，标志着拖拉机已经完成了合法注册登记手续。

综上所述，合法拖拉机在注册登记后是会核发机动车登记证书的，这是其合法上路和进行其他相关操作的重要凭证。如果您在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询当地农业机械化主管部门或相关机构。