停止流通的人民币通过拍卖公司交易是否合法，需分情况讨论：
已退出流通领域的人民币纸币及硬币的合法交易情况
- 根据《中华人民共和国人民币管理条例》第二十五条的规定，禁止非法买卖流通人民币，但纪念币的买卖应当遵守中国人民银行的有关规定。对于已正式退出流通领域的人民币纸币及硬币，该条例并未明确禁止其买卖。这意味着，如果停止流通的人民币不属于正在流通的货币，且不是非法所得，那么通过拍卖公司进行交易，在遵守相关法律法规和拍卖规定的前提下，是合法的。
特殊停止流通人民币的交易限制
- 对于装帧流通人民币和经营流通人民币，需要经过中国人民银行批准。这是为了保护人民币的流通秩序和防止非法活动。因此，如果停止流通的人民币属于需要装帧或经营的情况，且未经中国人民银行批准，那么通过拍卖公司进行交易可能是不合法的。
拍卖公司的合规性要求
- 拍卖公司在拍卖停止流通的人民币时，必须确保拍卖活动的合法性和合规性。这包括但不限于：确认拍卖品的来源合法、遵守拍卖法律法规、确保拍卖过程的公开透明等。如果拍卖公司未能履行这些合规性要求，那么其拍卖活动可能是不合法的，甚至可能涉及法律责任。
法律建议与风险提示：
- 确认停止流通人民币的合法性：在参与拍卖前，务必确认停止流通的人民币的来源合法，且不属于正在流通的货币或非法所得。
- 了解拍卖公司的合规性：选择有良好信誉和合规记录的拍卖公司进行交易，以确保拍卖活动的合法性和自身权益的保护。
- 遵守相关法律法规：在交易过程中，务必遵守《中华人民共和国人民币管理条例》等相关法律法规，避免涉及非法活动。
可能存在的法律后果：
- 如果违反相关法律法规进行非法买卖流通人民币或未经批准经营流通人民币，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，如果涉及犯罪活动，如伪造货币、贩卖假币等，还可能面临刑事责任。
如果您对停止流通人民币的交易有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。