采购代理机构两边收费是否合法，需根据具体情况及双方约定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
双方明确约定：
- 如果采购代理机构与采购方和供应商在合同中明确约定了代理服务费由双方分别承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么采购代理机构向双方收费是合法的。这种约定通常出现在一些特定的采购项目中，如国际采购、大型设备采购等，其中可能涉及复杂的代理服务内容和较高的服务成本。
行业惯例或地方规定：
- 在某些行业或地区，可能存在采购代理机构向双方收费的惯例或地方性规定。如果这种惯例或规定不违反法律法规的强制性规定，且得到了采购方和供应商的认可，那么采购代理机构向双方收费也是合法的。
二、不合法情形
未明确约定且违反法律法规：
- 如果采购代理机构与采购方和供应商之间没有明确约定代理服务费的承担方式，且采购代理机构擅自向双方收费，这可能违反了相关法律法规的规定。例如，根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，招标代理机构不得向投标人收取招标文件费用以外的其他费用（特定情形除外），如果违反此规定，则可能构成不合法收费。
利用优势地位强制收费：
- 如果采购代理机构利用其在采购过程中的优势地位，强制采购方和供应商接受其向双方收费的要求，这也可能构成不合法行为。这种行为可能损害采购方和供应商的合法权益，破坏公平竞争的市场环境。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订采购代理合同时，采购方和供应商应仔细审查合同条款，明确代理服务费的承担方式、金额及支付方式等关键内容。如果合同中没有明确约定或约定不明确，应及时与采购代理机构进行沟通协商，以避免后续纠纷。
了解行业惯例和地方规定：
- 在参与采购活动前，采购方和供应商应了解所在行业或地区的采购代理收费惯例和地方性规定，以便更好地判断采购代理机构的收费行为是否合法合理。
维护自身权益：
- 如果采购方或供应商认为采购代理机构的收费行为不合法或不合理，应及时向相关部门进行投诉举报或寻求法律援助。同时，也可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式来维护自身的合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。