财务负责人将资金做注册资本金是否违法及处理方式需分情况讨论：
若资金来源合法且程序合规，一般不违法
若财务负责人按照公司章程、股东会决议等法定程序，将公司自有资金或股东合法出资转入公司账户作为注册资本金，且完成工商变更登记、验资等手续，此行为属于正常的增资或出资行为，不构成违法。
处理建议：确保资金来源清晰（如股东出资需有转账凭证、出资协议），留存验资报告、工商变更登记文件等证据，避免后续纠纷。
若资金来源非法或程序违规，可能涉嫌违法甚至犯罪
- 资金来源非法：若财务负责人通过挪用公司资金、虚构债务、抽逃出资等方式将资金“做”成注册资本金，可能涉嫌《刑法》中的挪用资金罪（挪用公司资金归个人使用或借贷他人）、抽逃出资罪（公司成立后抽逃出资，数额巨大、后果严重）或虚假出资罪（虚假出资，数额巨大、后果严重）。
- 程序违规：若未履行股东会决议、未验资、未变更工商登记等法定程序，可能被认定为“虚假增资”，面临行政处罚（如工商部门责令改正、罚款）或民事纠纷（如其他股东要求赔偿）。
处理建议：
- 立即停止违法行为：若资金来源或程序存在问题，应第一时间将资金退回原账户，纠正工商登记信息，避免损失扩大。
- 主动配合调查：若已被监管部门或司法机关介入，应如实说明情况，提供资金来源、用途等证据，争取从轻处理。
- 协商解决民事纠纷：若其他股东或公司因此受损，可协商赔偿或通过诉讼解决，避免刑事责任与民事责任叠加。
- 特殊情形：财务负责人个人垫资后转为注册资本金
若财务负责人先以个人资金垫付公司运营费用，后经股东会同意将该垫资转为注册资本金，需满足以下条件才合法：
- 垫资行为有书面协议（如借款合同）；
- 股东会决议明确同意将垫资转为出资；
- 完成验资、工商变更登记等手续。
若未满足上述条件，可能被认定为“未实际出资”，财务负责人需承担补足出资、对公司债务承担连带责任等法律后果。
总结：财务负责人将资金做注册资本金是否违法，关键看资金来源是否合法、程序是否合规。若存在违法情形，需根据具体行为承担行政、民事或刑事责任。建议企业完善财务制度，明确资金使用流程，避免个人行为与公司资金混同；财务负责人应严格遵守法律，避免因操作不当引发法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。