恶意克扣工资并让工人签字工资结清的行为，在大多数情况下是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为，都是违法的。
恶意克扣工资的合法性分析
恶意克扣工资：如果用人单位以非法手段，如虚构事实、隐瞒真相等方式，故意减少劳动者的应得工资，这构成恶意克扣工资。这种行为不仅违反了劳动合同的约定，也违反了国家关于劳动报酬支付的法律、法规，因此是不合法的。
让工人签字工资结清：即使工人在被克扣工资后被迫或误导下签署了工资结清的证明，这种证明也可能因为存在欺诈、胁迫等情形而被认定为无效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因欺诈、胁迫等情形订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。因此，如果工人能够证明其签署工资结清证明时存在被欺诈、胁迫等情形，那么该证明将不具有法律效力。
可能的法律后果
补发工资：如果用人单位被证实存在恶意克扣工资的行为，那么其需要向劳动者补发被克扣的工资。
经济补偿：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位如果未及时足额支付劳动报酬，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
行政处罚：用人单位如果存在恶意克扣工资等违法行为，还可能面临劳动行政部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
建议
保留证据：如果工人认为自己的工资被恶意克扣，应当首先保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在后续维权过程中使用。
协商解决：在保留好证据的基础上，工人可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位补发被克扣的工资并支付经济补偿。
寻求法律援助：如果协商无果，工人可以向当地的劳动行政部门投诉或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，恶意克扣工资并让工人签字工资结清的行为是不合法的。如果工人遇到这种情况，应当保留好相关证据并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。