关于“拿错药赔偿5000是否合法”的问题，需分情况讨论，结论如下：

1. 若赔偿金额基于双方自愿协商且未违反法律强制性规定，则合法
   根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。若拿错药的行为导致对方人身或财产损失（如误食药物引发健康问题），双方可通过协商确定赔偿金额。只要赔偿金额未显著超出实际损失范围（如医疗费、误工费等），且双方自愿达成一致，5000元赔偿即具有合法性。
   示例：若患者因拿错药产生500元医疗费，但双方协商后同意赔偿5000元（含精神抚慰金等），此约定不违反法律禁止性规定，合法有效。

2. 若赔偿金额显著高于实际损失，可能涉及显失公平或欺诈，需进一步审查
   根据《民法典》第151条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求撤销。若赔偿方被胁迫或误导签订高额赔偿协议（如对方以报警威胁），或赔偿金额远超实际损失（如实际损失仅500元却要求赔偿5000元），则可能因显失公平或欺诈被撤销。
   示例：若药店员工因疏忽拿错药，患者仅轻微不适（未产生医疗费），但以投诉威胁要求赔偿5000元，此时赔偿协议可能因胁迫或显失公平被认定无效。

3. 若涉及刑事责任（如故意拿错药危害健康），赔偿需结合刑事附带民事诉讼处理
   若拿错药行为系故意为之（如恶意替换药物），且造成严重后果（如重伤、死亡），则可能触犯《刑法》第143条（生产、销售不符合安全标准的食品罪）或第144条（生产、销售有毒、有害食品罪）等罪名。此时，赔偿问题需通过刑事附带民事诉讼解决，赔偿范围包括医疗费、残疾赔偿金等，但赔偿金额需以实际损失为限，且需经法院审理认定。
   示例：若行为人故意将有毒药物替换为正常药物，导致患者中毒，此时赔偿金额需由法院根据实际损失（如医疗费、护理费等）判决，而非双方自行协商。

法律建议：

• 若您作为赔偿方，建议核实对方实际损失，避免签订显失公平的赔偿协议；若已签订，可收集证据（如协商记录、损失凭证）主张撤销。
  
• 若您作为受害方，建议保留医疗记录、费用单据等证据，通过协商或诉讼主张合理赔偿。
  
• 若涉及刑事犯罪，应立即报警并配合调查，赔偿问题可通过刑事附带民事诉讼解决。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。