若女方已起诉离婚，开完庭后双方又达成协议，可按以下步骤处理：

1. 向法院提交书面协议：双方应将达成的离婚协议内容以书面形式固定下来，明确双方对子女抚养、财产分割、债务处理等事项的约定。这份协议需详细、具体，避免模糊不清的表述，以减少后续可能产生的纠纷。之后，将该书面协议提交给审理该离婚案件的法院，申请法院根据协议内容制作调解书或判决书。
2. 等待法院审查与确认：法院会对双方提交的协议进行审查，主要查看协议内容是否违反法律法规的强制性规定，是否损害国家、集体或第三人的利益，以及是否充分考虑了子女的权益等。如果协议内容合法、合理，法院会予以确认，并据此制作调解书或判决书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，与判决书具有同等的法律效力。
3. 履行协议义务：一旦法院确认协议并出具相应的法律文书，双方就应按照协议的约定履行各自的义务。比如，按照约定支付子女抚养费、分割财产、偿还债务等。如果一方不履行协议义务，另一方可以依据法院出具的法律文书向法院申请强制执行。

特殊情况说明：

• 若协议内容存在瑕疵或争议：如果双方在协议履行过程中发现协议内容存在瑕疵，或者对某些条款的理解产生争议，可以首先尝试通过协商的方式解决。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，请求法院对协议内容进行解释或变更。但需要注意的是，一旦法院出具了调解书或判决书，对协议内容的变更将受到一定的限制，必须符合法律规定的条件。
• 若一方反悔不愿按协议处理：在法院尚未出具调解书或判决书之前，如果一方反悔不愿按协议处理，那么之前的协议将不具有法律效力，案件将回到法院的审理程序中，由法院根据双方的证据和法律规定作出判决。因此，在达成协议后，双方应谨慎对待，确保协议的履行。

在处理此类问题时，务必确保所有步骤都符合法律程序，以保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。