为他人开具5000元药店发票的行为可能涉嫌违法，具体需结合行为细节判断是否构成犯罪或行政违法。以下分情况详细说明：

1. 若发票为真实交易但代开
   若药店实际发生了5000元药品销售，但购买方因特殊原因（如未携带证件、需报销但无资质）要求你代为开具发票，且你与药店无实际交易关系，此行为可能构成《刑法》第二百零五条之一规定的“虚开发票罪”中的“让他人为自己虚开”或“介绍他人虚开”情形。即使金额仅5000元未达刑事立案标准（通常为虚开税款数额1万元以上或虚开发票100份以上），仍可能因违反《发票管理办法》第二十二条被税务机关处以5万元以下罚款，并没收违法所得。

2. 若发票为虚构交易开具
   若药店与购买方无实际药品交易，你通过伪造交易记录、资金流水等方式协助开具5000元发票，无论是否收取“开票费”，均直接构成虚开发票罪。根据《刑法》第二百零五条之一，即使金额较小，也可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚。此外，若该发票被用于骗取出口退税、抵扣税款，还可能触犯更严重的“虚开增值税专用发票罪”，最高可处无期徒刑。

3. 若为合法代开但程序违规
   若药店因特殊情况（如系统故障）需临时通过你代开发票，且你与药店存在合法代理关系（如员工代开），但未按规定在发票上注明“代开”字样或未留存完整交易凭证，虽不构成犯罪，但仍可能因违反《发票管理办法》被税务机关责令改正，并处1万元以下罚款。

建议：若已实施此类行为，应立即停止并主动向税务机关说明情况，配合调查以争取从轻处理；若尚未实施，切勿因“金额小”“人情难却”等理由冒险，合法交易应通过正规渠道开具发票。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作风险。