借铁路证件被车站扣掉，这一行为本身是否违法，需分情况讨论：
若借用的铁路证件属于无效证件或伪造证件：
- 在这种情况下，借用并使用无效或伪造的铁路证件，不仅违反了铁路部门的相关规定，还可能触犯《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》中关于伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪的相关规定。车站扣掉此类证件，是依法进行的执法行为，不仅不违法，反而是维护公共秩序和安全的必要措施。
若借用的铁路证件属于有效证件，但借用行为违反铁路部门规定：
- 铁路部门对于证件的使用有严格的规定，通常要求证件与使用者本人一致。如果借用他人的有效铁路证件进行使用，即使证件本身真实有效，也违反了铁路部门的规定。车站有权根据规定扣掉该证件，并可能对借用者进行相应的处罚，如罚款、限制乘车等。这种扣证行为是基于铁路部门的管理规定，虽然不直接构成违法，但借用者需承担违反规定的后果。
若车站扣证行为超出法定权限或程序不当：
- 车站作为铁路部门的管理机构，在执行扣证等执法行为时，必须严格遵守法律法规和程序规定。如果车站扣证行为超出了其法定权限，或者未按照法定程序进行，如未出示执法证件、未告知扣证理由等，那么这种扣证行为就是违法的。在这种情况下，借用者有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
法律建议：
- 对于借用铁路证件的行为，无论证件是否有效，都应严格遵守铁路部门的规定，避免不必要的麻烦和法律风险。
- 如果车站扣掉了你的证件，且你认为扣证行为存在违法或不当之处，可以要求车站出示相关执法依据和程序说明，并有权向铁路部门或相关部门进行投诉和申诉。
- 在处理此类问题时，建议保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以更好地了解自己的法律地位和维权途径。
可能后果：
- 如果借用无效或伪造证件，可能面临行政处罚甚至刑事处罚。
- 如果借用有效证件但违反规定，可能面临铁路部门的处罚，如罚款、限制乘车等。
- 如果车站扣证行为违法或不当，借用者有权要求车站承担相应的法律责任。
总之，借铁路证件被车站扣掉是否违法，取决于证件的有效性、借用行为的合法性以及车站扣证行为的合法性。在处理此类问题时，应全面考虑各种因素，并依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。