在行政诉讼法中，起诉行政机关的依据主要是《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条，该条款详细列举了人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的，针对行政机关侵犯其合法权益的各类诉讼案件的具体范围。以下是对该条款的详细解读及实际应用分析：
一、明确受理范围，保障合法权益
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条，人民法院受理的行政诉讼案件主要包括以下几大类：
行政处罚类：对行政拘留、暂扣或吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的。例如，某企业认为行政机关对其作出的责令停产停业的处罚缺乏事实和法律依据，即可依法提起行政诉讼。
行政强制措施与强制执行类：对限制人身自由或对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的。如公民对公安机关实施的限制人身自由的强制措施不满，或企业对行政机关冻结其银行账户的行为有异议，均可提起诉讼。
行政许可类：申请行政许可时，行政机关拒绝或在法定期限内不予答复，或对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的。例如，某人申请餐馆营业执照，行政机关逾期未作出决定，申请人可对此提起行政诉讼。
自然资源确权类：对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或使用权的决定不服的。这类案件常涉及土地权属争议，如两个村对某块土地的所有权存在分歧，一方可对行政机关的确权决定提起诉讼。
征收征用及补偿类：对征收、征用决定及其补偿决定不服的。例如，政府为修建公路征收农民土地，农民认为补偿标准不合理，可对补偿决定提起行政诉讼。
行政不作为类：申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或不予答复的。如某人遭受侵害向公安机关求助未果，可对公安机关的不作为提起诉讼。
经营权保护类：认为行政机关侵犯其经营自主权或农村土地承包经营权、农村土地经营权的。例如，行政机关强制企业合并或变更经营范围，企业认为此行为侵犯了其经营自主权，可提起行政诉讼。
竞争保护类：认为行政机关滥用行政权力排除或限制竞争的。如行政机关制定不合理规定限制外地企业进入本地市场，本地企业或其他受影响方可提起诉讼。
非法集资摊派类：认为行政机关违法集资、摊派费用或违法要求履行其他义务的。例如，行政机关强制企业参加培训并收取高额费用，企业可对此提起行政诉讼。
社会保障类：认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或社会保险待遇的。如伤残军人认为民政部门未按标准支付抚恤金，可提起行政诉讼。
协议违约类：认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的。这类案件涉及行政机关在合同履行中的违约行为。
兜底条款：认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。这一条款涵盖了除上述列举情形外的所有行政机关侵犯公民、法人或其他组织合法权益的行为。
二、法律分析与实际应用
在实际操作中，当事人应首先明确行政机关的具体行政行为是否侵犯了自己的合法权益，并根据具体情况选择适当的诉讼理由和依据。例如，若行政机关作出的行政处罚决定缺乏事实和法律依据，当事人即可依据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第一项的规定，向人民法院提起行政诉讼，要求撤销该行政处罚决定。
同时，当事人还需注意收集相关证据材料，以支持自己的诉讼主张。证据材料应能够证明行政机关的具体行政行为确实侵犯了当事人的合法权益，以及该行政行为的具体内容和实施情况等。
综上所述，《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条为人民提供了广泛的诉讼渠道和法律保护，确保公民、法人或其他组织在面临行政机关的侵权行为时能够得到有效救济。在实际应用中，当事人应充分了解法律规定并合理运用法律武器维护自身权益。如有任何法律问题，可直接向我咨询。