焚烧秸秆是否会入档案需分情况讨论，具体如下：

1. 一般情况下的行政处罚记录
   若焚烧秸秆行为被环保、农业或综合执法部门查处，且未造成严重后果（如引发火灾、空气污染未达刑事标准），通常会被处以警告、罚款等行政处罚。此类行政处罚记录会留存在行政机关的执法档案中，但一般不会直接纳入个人人事档案或征信系统，除非涉及公务员、事业单位人员等特殊主体因行政处罚受到组织处分时，可能作为内部纪律处分依据。

2. 造成严重后果时的刑事责任记录
   若焚烧秸秆导致火灾、重大环境污染事故，或以危险方法危害公共安全，可能触犯《刑法》中的失火罪、污染环境罪或以危险方法危害公共安全罪。此时，司法机关会立案侦查并移送起诉，最终形成的刑事犯罪记录会永久保留在个人档案中，影响就业、贷款等社会活动。

3. 地方性政策差异
   部分地区可能将焚烧秸秆纳入社会信用体系管理，例如通过“黑名单”制度限制违规者享受某些政策优惠，但此类记录通常不等同于传统意义上的“档案”，且需以地方性法规为依据。

建议：焚烧秸秆不仅可能面临行政处罚，更可能引发火灾、污染环境等严重后果，建议遵守《大气污染防治法》《消防法》等相关规定，采用秸秆还田、资源化利用等合规方式处理。若已因焚烧秸秆被处罚或面临调查，可进一步向我咨询具体法律后果及应对措施。