借款担保合同的双方是同一法定代表人，这样的合同在符合法律规定的情况下仍然有效。以下是对此问题的详细分析：
法律有效性分析
合同主体资格：
- 合同的效力首先取决于合同主体是否具备相应的民事行为能力。在借款担保合同中，如果借款人和担保人（或保证人）虽然法定代表人为同一人，但两者作为独立的法人实体，均具备签订合同的民事行为能力，那么合同在主体资格上是有效的。
合同内容合法性：
- 合同的内容必须合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。只要借款担保合同的内容符合这些要求，即使双方法定代表人为同一人，也不影响合同的合法性。
意思表示真实性：
- 合同双方的意思表示必须真实，不存在欺诈、胁迫等情形。如果双方在签订合同时，意思表示真实，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么合同是有效的。
特殊情况考虑
关联交易与利益冲突：
- 如果借款人和担保人（或保证人）之间存在关联关系，且该关联交易可能损害其中一方或第三方的利益，那么合同的有效性可能会受到质疑。在这种情况下，需要审查合同是否公平、合理，以及是否经过了必要的审批程序。但单纯的法定代表人为同一人，并不直接构成关联交易或利益冲突。
公司内部决策程序：
- 对于公司作为借款人和担保人的情况，还需要考虑公司内部决策程序是否合法。例如，公司是否按照章程或法律规定召开了股东会或董事会，并作出了有效的决议。如果内部决策程序存在瑕疵，可能会影响合同的效力，但这与法定代表人为同一人无直接关系。
法律建议
审查合同条款：
- 在签订借款担保合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、明确、无歧义，并符合双方的真实意思表示。
遵循公司内部决策程序：
- 如果涉及公司作为合同一方，应确保公司内部决策程序合法、有效，并保留相关决议文件作为证据。
咨询专业律师：
- 在签订涉及复杂法律关系的借款担保合同时，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。
总结来说，借款担保合同的双方是同一法定代表人，并不直接导致合同无效。合同的有效性取决于合同主体资格、内容合法性以及意思表示真实性等多个因素。在签订此类合同时，应仔细审查合同条款，遵循公司内部决策程序，并咨询专业律师以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。