法人希望注销公司但股东不配合时，可以通过以下途径依法推进注销流程：

一、前置沟通与协商

1. 深入了解原因：首先，与不配合的股东进行深入沟通，了解其不合作的具体原因。可能是对清算结果有异议、对注销流程不了解，或者存在其他利益诉求。通过沟通，可以更好地理解股东的立场，为后续解决方案的制定提供依据。
2. 明确法律后果：向股东详细阐述不配合注销可能带来的法律后果，包括个人信用受损、未来注册新公司或贷款受限，以及可能面临的额外法律责任。同时，说明公司注销的必要性，如避免持续产生费用、减少潜在法律风险等。
3. 寻求共识与解决方案：在了解原因和明确后果的基础上，尝试与股东达成共识，寻找一个双方都能接受的解决方案。例如，可以协商调整清算方案、分配剩余财产的方式，或者提供其他补偿措施，以促使股东配合注销。

二、依据公司章程与法律程序推进

1. 查阅公司章程：仔细审查公司章程中关于公司解散、清算和注销的相关规定。特别是关于决策机制和表决权比例的要求，确保注销流程的合规性。
2. 召开股东会：按照公司章程规定的程序召集股东会会议，就公司注销事宜进行讨论和表决。只要达到法律和章程规定的表决权比例（如有限责任公司需经代表三分之二以上表决权的股东通过），即可形成有效决议。决议形成后，应确保股东会会议的全程记录完整，包括股东的发言、表决情况等，并由所有参会股东签字确认，作为决策程序合法有效的证据。
3. 依法推进注销流程：股东会通过注销决议后，依法成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表等清算工作。清算组应在规定时间内通知债权人并在报纸上公告，确保债权人的权益得到保障。清算工作完成后，向登记机关提交注销登记申请及相关文件，办理公司注销登记手续。

三、法律途径的终极保障

1. 提起诉讼：若通过沟通协商和依据章程决策均无法解决问题，可依法向法院提起诉讼，请求法院判令不配合的股东履行配合注销的义务。在诉讼过程中，需准备充分的证据，如公司章程、股东决议、书面通知及送达凭证等，以证明注销的合法性和必要性。
2. 申请法院强制解散：在公司经营管理发生严重困难，且无法通过其他途径解决时，持有一定比例表决权的股东（如连续一百八十日以上单独或者合计持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东）可向法院申请强制解散公司。法院判决解散后，公司应依法进行清算并注销。

四、其他备选方案

1. 股权转让：在可能的情况下，尝试与不配合的股东协商，通过股权转让的方式让其退出公司。这样既可以规避注销过程中的障碍，又能确保公司的持续运营或顺利清算。
2. 变更法人：若法人希望继续推进注销但受到不配合股东的阻碍，且符合法定条件和程序的情况下，可以通过股东会决议变更法人。由新法人配合完成公司注销工作，但需注意变更法人需遵循公司章程和法律规定的程序。

五、注意事项

• 合法合规：在整个过程中，必须确保所有操作均符合法律法规和公司章程的规定，避免法律风险。
• 保护权益：法人应密切关注自身权益的保护，确保在注销过程中不受损失。同时，也要尊重和保护其他股东的合法权益。
• 证据留存：妥善保存所有相关文件和记录，如公司章程、股东决议、沟通记录、书面通知及送达凭证等。这些证据在后续可能的法律程序中至关重要。

总结与建议：面对股东不配合注销的复杂情况，法人应综合运用沟通协商、依据章程与法律程序、法律途径及其他解决方案来妥善处理。在整个过程中，务必注重证据的收集和保留，以维护公司和其他股东的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。