美容主诊医师未备案的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令停止非法执业活动，并可能面临罚款等行政处罚。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国医师法》相关规定：虽然该法未直接提及美容主诊医师备案的具体处罚，但明确规定了医师执业需注册并取得医师执业证书。未注册取得医师执业证书，不得从事医师执业活动。这一原则同样适用于美容主诊医师。

2. 《深圳经济特区医疗条例》相关规定：该条例第六十八条明确规定了医疗卫生人员执业的禁止行为，其中包括“除法律、法规规定的特殊情形外，在注册和备案的执业机构以外的医疗机构执业”。对于违反此规定的行为，条例中设定了相应的处罚措施。虽然这是深圳地区的特定规定，但反映了对于医师备案管理的普遍要求。

3. 其他相关法规：如《医疗机构管理条例》等也强调了医疗机构和医务人员的执业资质要求，对于未按照规定备案或注册的行为，均设定了相应的法律责任。

二. 处罚措施

1. 责令停止非法执业活动：这是最基本的处罚措施，旨在立即制止违法行为，保护患者权益。

2. 罚款：根据违法行为的严重程度、违法所得等因素，卫生健康主管部门可以对未备案的美容主诊医师处以一定数额的罚款。具体罚款数额会依据相关法律法规和行政处罚自由裁量权基准进行确定。

3. 其他处罚：如没收违法所得、没收药品及器械等，也是可能的处罚措施。对于情节严重或造成严重后果的，还可能面临更严厉的处罚，如吊销医师执业证书、追究刑事责任等。

三. 实际案例

以深圳某医疗美容诊所为例，该诊所因使用未备案的美容主诊医师开展执业活动，被卫生健康主管部门处以罚款等行政处罚。这一案例说明了对于美容主诊医师备案管理的严格性和处罚的严肃性。

我建议：美容主诊医师应严格按照相关法律法规要求，及时进行备案管理，确保自己的执业行为合法合规。同时，医疗机构也应加强对医师的管理和监督，确保所有医师均具备合法的执业资质。如有进一步需要，您可以继续咨询我。