结论：股东协议中约定退出需全体股东同意，但实际只有过半数同意时，股东能否退出需视具体情况而定，包括股东协议的具体条款、公司章程的规定以及相关法律法规的适用。以下从不同角度进行分析：

一、股东协议的具体条款

1. 严格解释协议：

   • 若股东协议中明确规定了“退出需全体股东同意”，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么原则上应严格按照协议执行。在此情况下，仅有过半数股东同意，可能不足以满足退出条件。

2. 协议条款的灵活性：

   • 然而，股东协议也可能包含一些灵活性条款，如允许在特定条件下（如多数股东同意、公司经营状况不佳等）调整退出条件。若协议中有此类条款，且当前情况符合调整条件，则可能无需全体股东同意即可退出。

二、公司章程的规定

1. 章程优先于协议：

   • 根据《公司法》及相关规定，公司章程是公司治理的基本文件，其效力通常高于股东协议（除非协议另有约定且不违反法律法规）。因此，若公司章程中关于股东退出的规定与股东协议不一致，应以公司章程为准。

2. 章程中的退出机制：

   • 检查公司章程中是否规定了股东退出的具体机制，如股权转让、回购、减资等。若章程中有明确规定，且符合当前情况，则可按照章程规定的程序退出。

三、相关法律法规的适用

1. 《公司法》的相关规定：

   • 根据《公司法》第七十一条，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。但此条款主要针对的是股权转让，而非股东退出。
   • 若股东退出涉及股权转让，且转让对象为非股东，则需遵循《公司法》中关于股权转让的规定，即过半数股东同意。但若退出方式并非股权转让（如公司回购、减资等），则需依据其他相关法律法规。

2. 其他法律法规：

   • 除了《公司法》外，还需考虑其他可能适用的法律法规，如《合同法》（现《民法典》合同编）中关于合同解除的规定（若股东协议被视为合同）。若协议中存在可解除的情形（如一方严重违约），则可能无需全体股东同意即可退出。

四、建议与行动方案

1. 审查协议与章程：

   • 首先，仔细审查股东协议和公司章程中关于股东退出的具体规定，确定当前情况是否符合退出条件。

2. 协商与沟通：

   • 若协议或章程中存在模糊或争议之处，建议与其他股东进行协商与沟通，寻求共识。在协商过程中，可以提出合理的退出方案，如股权转让、公司回购等。

3. 寻求法律救济：

   • 若协商无果，且认为自身权益受到侵害，可以考虑通过法律途径解决争议。例如，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认退出行为的合法性或要求公司履行回购义务等。

进一步思考：在处理此类问题时，还需考虑公司的实际经营状况、股东之间的利益关系以及退出可能对公司造成的影响等因素。因此，在做出决策前，建议进行全面的风险评估和利益分析。若您在此方面存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。