若专项债券资金挪用后已归还，仍可能面临行政责任、民事责任甚至刑事责任，但归还行为可作为从轻或减轻处罚的情节予以考量，具体处理需结合挪用情节、资金用途、归还时间等因素综合判断。以下从不同法律责任角度展开分析：
一、行政责任：可能面临财政部门或审计部门的处罚
根据《中华人民共和国预算法》及相关财政管理规定，专项债券资金必须专款专用，挪用专项债券资金属于违法行为。即使事后归还，财政部门或审计部门仍可能根据挪用情节的严重程度，对责任单位或责任人采取以下行政处罚措施：
归还行为的影响：归还资金可以作为责任单位或责任人认错态度良好、积极改正的体现，从而在行政处罚时予以从轻或减轻处理。但归还行为本身并不能完全免除行政责任，因为挪用行为已经发生，且可能已经对专项债券资金的使用效益和公共利益造成了损害。
二、民事责任：可能需承担赔偿损失等责任
如果挪用专项债券资金的行为给第三方造成了损失，如因资金挪用导致项目延期、停工等，给承包商、供应商等造成经济损失的，责任单位或责任人可能需承担民事赔偿责任。
归还行为的影响：归还资金可以减少损失的扩大，但并不能完全免除民事责任。如果第三方已经因挪用行为遭受了实际损失，且该损失与挪用行为之间存在因果关系，那么责任单位或责任人仍需承担相应的赔偿责任。不过，归还行为可以作为责任单位或责任人积极履行赔偿义务的体现，从而在民事赔偿时予以考虑。
三、刑事责任：可能构成挪用公款罪或挪用资金罪
如果挪用专项债券资金的行为涉及国家工作人员或单位工作人员，且挪用金额较大、情节严重，可能构成挪用公款罪或挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用公款罪和挪用资金罪均可能面临有期徒刑、拘役或罚金的刑事处罚。
归还行为的影响：在刑事责任方面，归还行为可以作为量刑时的从轻或减轻情节予以考虑。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释的规定，对于挪用公款或资金后，在案发前已归还全部或部分款项的，可以在量刑时予以从轻或减轻处罚。但归还行为并不能完全免除刑事责任，因为挪用行为已经触犯了刑法，且可能已经对公共利益造成了严重损害。
四、综合处理建议