结论：在有限公司中，法人持股超过51%时，选择以自然人、有限合伙企业还是有限公司作为股东，各有其优势和考量因素，具体选择需根据公司的战略规划、税务筹划、管理控制及风险隔离等需求来决定。以下是对这三种方式的详细分析：

1. 以自然人作为股东

   • 优势：
     • 决策直接：自然人股东可以直接参与公司决策，行使股东权利，无需通过其他组织形式进行决策传导，决策效率较高。
     • 税务简单：自然人股东在获得分红时，通常只需缴纳个人所得税，税务处理相对简单。
   • 考量因素：
     • 责任承担：自然人股东需以其个人财产对公司债务承担无限责任（在有限公司框架内，通常仅以其出资额为限承担责任，但此处考虑的是股东个人可能因公司债务被追责的极端情况，如股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务等），若公司出现重大风险，可能影响个人财产安全。
     • 管理复杂性：随着公司规模扩大，自然人股东可能难以独自应对复杂的管理事务，需要引入职业经理人或团队。

2. 以有限合伙企业作为股东

   • 优势：
     • 灵活管理：有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人负责执行合伙事务，有限合伙人不参与管理，这种结构可以灵活安排管理权限和责任。
     • 税务筹划：有限合伙企业本身不缴纳企业所得税，而是由合伙人分别缴纳个人所得税或企业所得税，有助于税务筹划。
     • 风险隔离：有限合伙人以其出资额为限对合伙企业债务承担责任，有助于隔离风险。
   • 考量因素：
     • 设立与维护成本：有限合伙企业的设立和后续维护（如年度报告、税务申报等）可能相对复杂，需要一定的成本和时间投入。
     • 融资能力：相比有限公司，有限合伙企业在融资方面可能面临更多限制。

3. 以有限公司作为股东

   • 优势：
     • 责任有限：有限公司股东以其出资额为限对公司债务承担责任，有助于保护股东个人财产安全。
     • 融资便利：有限公司在融资方面通常具有更多渠道和优势，如银行贷款、股权融资等。
     • 管理规范：有限公司通常具有更完善的管理结构和制度，有助于公司长期稳定发展。
   • 考量因素：
     • 税务成本：有限公司需缴纳企业所得税，股东在获得分红时还需缴纳个人所得税，税务成本相对较高。
     • 决策流程：有限公司决策通常需经过股东会或董事会等程序，决策流程可能相对复杂。

综合建议：

• 若公司规模较小，股东希望直接参与管理且税务筹划需求不高，可以选择以自然人作为股东。
• 若公司希望灵活安排管理权限、进行税务筹划或隔离风险，可以考虑以有限合伙企业作为股东。
• 若公司规模较大、融资需求较高或希望建立更完善的管理结构，以有限公司作为股东可能是更合适的选择。

在实际操作中，还需根据公司的具体情况和战略规划，结合税务、法律、财务等多方面的专业意见，做出最适合的选择。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。