若半挂车违反规定通行深中通道，将面临交通管理部门的处罚，具体处罚措施需根据违规情形确定，以下分情况说明：

1. 超限超载情形
   根据《公路安全保护条例》第六十四条，若半挂车存在超限超载行为（如车货总质量超过限定标准），交通管理部门将责令改正，并处3万元以下罚款。若超限超载行为同时违反《道路交通安全法》，还可能面临200元至500元罚款（超载未达30%）或500元至2000元罚款（超载30%以上），并扣留车辆至违法状态消除。

2. 未按规定路线通行情形
   深中通道对通行车辆类型、轴载质量等有明确限制（如禁止特定轴型货车通行）。若半挂车违反限行规定，依据《道路交通安全法》第九十条，将处警告或20元至200元罚款，并可能被责令绕行。若因违规通行导致交通事故或道路损坏，还需承担相应民事赔偿责任。

3. 其他违规情形
   若半挂车存在遮挡号牌、未悬挂号牌、未按规定安装防护装置等行为，将依据《道路交通安全法》相关条款（如第九十条、第九十五条）处20元至200元罚款，并可能扣留机动车或驾驶证。若违规行为涉及危险化学品运输，处罚将更为严厉，可能面临5万元至10万元罚款（《危险化学品安全管理条例》第八十八条）。

建议：半挂车通行深中通道前，应严格核对车辆轴载、总质量、路线许可等条件，确保符合通行要求。若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。