合同的合法性主要由人民法院或仲裁机构进行认定。以下是详细分析：

一. 合同合法性的认定机构

1. 人民法院：在合同纠纷中，当事人可以将合同争议提交给人民法院，由法院根据相关法律法规对合同的合法性进行审查。如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或存在其他无效情形，人民法院将认定合同无效。

2. 仲裁机构：当事人也可以在合同中约定仲裁条款，将合同争议提交给仲裁机构进行裁决。仲裁机构在裁决过程中，同样会对合同的合法性进行审查，并根据审查结果作出裁决。

• 例如，甲公司与乙公司签订了一份销售合同，但合同中某些条款可能违反了相关法律法规。如果双方发生争议，甲公司可以将争议提交给人民法院或仲裁机构，由这些机构对合同的合法性进行认定。

二. 合同合法性的认定标准

合同合法性的认定主要依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规。具体来说，合同要合法有效，必须满足以下条件：

1. 合同主体具有相应的民事行为能力：即合同双方必须具备签订合同所需的法律资格。

2. 合同内容合法：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益。

3. 合同意思表示真实：合同双方必须是在自愿、平等、协商一致的基础上签订合同，不存在欺诈、胁迫等情形。

4. 合同形式合法：对于某些特定类型的合同，法律可能规定必须采用书面形式或其他特定形式。

综上所述，合同的合法性主要由人民法院或仲裁机构进行认定，认定过程将依据相关法律法规对合同主体、内容、意思表示及形式等方面进行全面审查。如有进一步需要，您可以继续咨询我。