在高速公路上因超重被收费站拦下后，通常是由交通运输管理部门（具体为交通运输综合执法机构）来进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 处罚主体：

   • 根据相关法律法规，交通运输管理部门（或其下属的交通运输综合执法机构）负责高速公路上的交通违法行为查处工作。这包括但不限于超载、超速、超限等违法行为。

2. 处罚依据：

   • 处罚主要依据《中华人民共和国公路法》、《中华人民共和国道路交通安全法》以及《公路安全保护条例》等相关法律法规。这些法律法规明确规定了车辆在高速公路上行驶时应遵守的载重限制，以及违反这些限制将面临的法律责任。

3. 处罚流程：

   • 当车辆因超重被收费站拦下后，交通运输综合执法机构的工作人员会对车辆进行称重检测，确认超重事实。
   • 随后，执法人员会依据相关法律法规，对超重车辆进行处罚，这可能包括罚款、扣留车辆、卸载超重部分等措施。
   • 处罚决定通常会以书面形式告知车主或驾驶员，并明确告知其享有的申诉权利。

4. 注意事项：

   • 车主或驾驶员在接到处罚决定后，应认真核对处罚事实、依据和金额，如有异议，可以在规定时间内提出申诉。
   • 遵守交通法规，确保车辆不超重行驶，是每位车主和驾驶员的责任。超重行驶不仅可能面临法律处罚，还可能对道路安全造成严重威胁。

总结来说，如果你在高速公路上因超重被收费站拦下，那么处罚主体通常是交通运输管理部门（或其下属的交通运输综合执法机构）。他们将依据相关法律法规对你的违法行为进行查处。因此，建议你在行驶过程中严格遵守交通法规，确保车辆不超重，以避免不必要的法律麻烦。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。