结论前置：在申请强制执行时，如果债务人已经偿还了本金但未支付违约金，是否需要单独重新申请执行违约金，取决于执行程序中是否已经包含了违约金的请求以及法院是否已经对违约金部分作出了裁定。以下分情况详细说明：

1. 执行申请中已包含违约金请求

   • 如果在最初申请强制执行时，您已经将违约金作为执行请求的一部分明确提出，并且法院在执行裁定中也已经包含了违约金的支付义务，那么在这种情况下，债务人未支付违约金的，您无需单独重新申请执行。您可以直接向法院申请恢复执行或继续执行，要求债务人支付违约金。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，执行程序一旦启动，除非有法定事由，否则不会因部分履行而终止。因此，如果违约金已经在执行范围内，您只需依据原执行裁定继续执行即可。

2. 执行申请中未包含违约金请求

   • 如果在最初申请强制执行时，您未将违约金作为执行请求的一部分提出，或者法院在执行裁定中未包含违约金的支付义务，那么在这种情况下，债务人未支付违约金的，您需要单独就违约金部分向法院申请强制执行。
   • 操作流程：您需要准备一份新的执行申请书，明确列出违约金的金额、计算方式以及债务人未支付的事实和证据，然后提交给有管辖权的法院。法院在审查后，如果认为符合执行条件，会作出新的执行裁定，并启动执行程序。

3. 特殊情况考虑

   • 如果债务人在执行过程中提出了异议，认为违约金过高或不应支付，那么法院可能会暂停执行程序，并对违约金的合法性、合理性进行审查。在这种情况下，您需要配合法院的审查工作，提供必要的证据和法律依据，以支持您的违约金请求。
   • 法律建议：为了避免不必要的纠纷和延误，建议您在申请强制执行时，尽可能全面地列出所有执行请求，包括本金、利息、违约金等，并确保这些请求都有充分的法律依据和证据支持。

进一步思考：在处理此类案件时，除了关注执行程序本身外，还需要考虑债务人的财产状况、支付能力等因素。如果债务人确实无力支付全部债务，您可以考虑与债务人协商达成和解协议，分期支付或减免部分债务。同时，您也可以咨询专业律师，了解更多关于执行程序、债务追讨等方面的法律知识和技巧。

最后，如果您在处理此类案件时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我作为一名专注于经济纠纷、民间借贷领域的专业律师，将竭诚为您提供全面、专业的法律服务。