针对您提出的“被起诉案件归档后怎么申请处理”的问题，这主要涉及到案件归档后的再审或申诉流程。由于案件类型可能分为民商事案件和刑事案件，我将分别就这两种情况进行详细解答。
一、民商事案件归档后的申请处理
若您的案件属于民商事案件，且已经归档，您可能希望申请再审。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，以下是申请再审的基本流程和注意事项：
确定申请再审的法院：
- 当事人对巡回区内高级人民法院作出的已经发生法律效力的判决、裁定或调解书申请再审的，可以向最高人民法院第四巡回法庭申请。
- 若双方当事人都是公民，也可以向原审人民法院申请再审。
明确不能申请再审的案件类型：
- 已经发生法律效力的解除婚姻关系的判决、调解书不得申请再审。
- 若巡回区内高级人民法院驳回再审申请、逾期未对再审申请作出裁定，或再审判决和裁定有明显错误，当事人可以向人民检察院申请检察建议或抗诉。
准备申请再审的材料：
- 再审申请书，应写明当事人基本情况、有关的生效裁判的情况、申请再审的请求、申请再审的事实与依据，以及具体的法定事由。
- 全案裁判文书，包括一、二审、发回重审的判决书、裁定书、调解书，可提交原件或清晰的复印件。
- 申请人身份证明材料，如身份证或户口本复印件（自然人），或营业执照复印件、组织机构代码证复印件、法定代表人或主要负责人身份证明原件（法人或其他组织）。
- 委托代理手续，如自然人、法人或其他组织委托他人代为申请的，应提交授权委托书。
- 支持再审申请理由的有关证据材料，全部纸质材料应用A4型纸张打印或复印，并一并提供对应的电子文档。
注意申请再审的期限：
- 当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。
- 有特定情形的，如《民事诉讼法》第二百一十一条第一项、第三项、第十二项、第十三项规定的，自知道或者应当知道之日起六个月内提出。
二、刑事案件归档后的申请处理
若您的案件属于刑事案件，且已经归档，您可能希望提出申诉。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关解释，以下是提出申诉的基本流程和注意事项：
确定申诉的主体和对象：
- 当事人及其法定代理人、近亲属（配偶、子女、父母；同胞兄弟姐妹）对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院提出申诉。
- 案外人认为已经发生法律效力的判决、裁定侵害其合法权益的，也可以提出申诉。
确定申诉的法院：
- 申诉人应首先向作出生效裁判的人民法院提出申诉。
- 申诉被驳回后，可以向上一级人民法院提出申诉。
- 经过高级人民法院复查或再审的案件，当事人可以向最高人民法院第四巡回法庭申诉（已依法终结的案件除外）。
准备申诉的材料：
- 申诉书，应写明当事人及申诉人的基本情况、联系方式以及申诉的事实与理由。
- 原一、二审判决书、裁定书等法律文书，以及经过人民法院复查或者再审的驳回通知书、再审决定书、再审判决书、裁定书。
- 其他相关材料，如有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误为由申诉的，应当同时附有相关证据材料。
了解申诉立案与再审立案的区别：
- 申诉立案表示案件进入复查阶段。
- 经过复查后，符合《刑事诉讼法》规定的再审条件之一的，案件才予以再审立案，进入再审程序。
注意再审期间原判决、裁定的执行：
- 对于人民法院决定再审的案件，再审期间，不停止原判决、裁定的执行。
- 但被告人可能经再审改判无罪，或者可能经再审减轻原判刑罚而至刑期届满的，可以决定中止原判决、裁定的执行。
综上所述，被起诉案件归档后的申请处理方式取决于案件类型（民商事或刑事）以及具体情况。建议您根据上述指南准备相关材料，并按照规定的流程向相应的法院提出申请或申诉。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。