结论：村书记作为村企业法人能否占股份，需分情况讨论，具体合法性取决于企业性质、资金来源及是否符合法定程序。以下为详细分析：

1. 若村企业为集体所有制企业

• 法律性质：集体所有制企业的资产归集体成员共同所有，法人代表（如村书记）通常由集体选举或任命，其职责是管理企业而非占有资产。
• 占股合法性：
  • 不合法情形：若村书记以个人名义直接占有集体企业股份，可能涉嫌侵占集体资产，违反《民法典》第二百六十六条（集体财产保护）及《村民委员会组织法》关于集体资产管理的规定。
  • 例外情形：若村书记通过合法程序（如村民会议决议）代表集体行使股权，或以技术、管理等要素参与分红（需经全体村民同意并公示），可能被允许，但需严格避免个人利益与集体利益冲突。

2. 若村企业为股份合作制企业或混合所有制企业

• 法律性质：此类企业允许集体、个人或其他主体共同出资，股权结构明确。
• 占股合法性：
  • 合法情形：村书记作为自然人，若以个人资金或合法财产入股，且符合企业章程及《公司法》关于股东资格的规定（如无禁止性规定），其占股行为合法。
  • 限制条件：需确保入股资金来源合法（非集体资产或挪用公款），且占股比例、分红方式等需经企业股东会或村民会议同意，避免利益输送。

3. 若村企业为村办集体独资企业

• 法律性质：企业资产完全归集体所有，法人代表仅负责经营管理。
• 占股合法性：村书记作为法人代表，无权占有企业股份。若其通过关联交易、虚增成本等方式变相获利，可能构成职务侵占罪（《刑法》第二百七十一条）。

合规建议

1. 明确企业性质：通过企业章程、工商登记等文件确认企业法律属性。
2. 规范决策程序：涉及股权变更、分红等重大事项，需经村民会议或股东会表决，并留存书面记录。
3. 避免利益冲突：村书记不得利用职务便利为自己或亲属谋取私利，否则可能承担行政责任或刑事责任。

提示：具体案件需结合地方性法规及企业实际情况分析，如有疑问可直接向我咨询。