核心前提：员工在工作过程中未听从指挥、违章操作并导致工伤，涉及工伤认定、责任划分及赔偿处理等法律问题。
结论前置：
- 工伤认定不受违章操作影响：员工因工作原因受伤，即使存在违章操作，仍可依法申请工伤认定。
- 责任划分需结合过错程度：用人单位可能因管理疏漏承担部分责任，员工因故意或重大过失导致事故的，用人单位可主张减轻赔偿责任。
- 赔偿处理需分步骤推进：包括工伤认定申请、劳动能力鉴定、协商赔偿或诉讼维权。
具体分析：
1. 工伤认定不受违章操作影响
根据《工伤保险条例》第十四条，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。违章操作本身不构成否定工伤认定的理由，除非员工存在故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀等法定排除情形（第十六条）。
- 实务要点：用人单位不得以“员工违章”为由拒绝申请工伤认定，否则员工可自行向社保部门申请（时限为事故发生后1年内）。
2. 责任划分需结合过错程度
若员工因故意或重大过失导致事故（如违反操作规程且明知风险），用人单位可依据《民法典》第一千一百七十三条主张按过错比例减轻赔偿责任。但需注意：
- 用人单位责任：若未提供安全培训、劳动保护设备或未履行管理职责，仍需承担主要责任。
- 员工责任：仅在员工行为与事故存在直接因果关系且过错显著时，才可能承担部分责任（如赔偿用人单位垫付的医疗费等）。
- 实务建议：用人单位应通过安全管理制度、操作规程等证据证明员工过错，否则难以主张减责。
3. 赔偿处理需分步骤推进
- 第一步：申请工伤认定
用人单位应在事故发生后30日内向社保部门提出申请；逾期未申请的，员工或其近亲属可在1年内直接申请。
- 第二步：劳动能力鉴定
经治疗伤情相对稳定后，申请劳动能力鉴定（确定伤残等级），作为赔偿依据。
- 第三步：协商或诉讼
- 协商：与用人单位就工伤待遇（医疗费、伤残补助金、停工留薪期工资等）协商一致，签订协议。
- 诉讼：协商不成时，可申请劳动仲裁，主张工伤保险待遇及可能的民事赔偿（如用人单位未缴社保，需全额承担工伤赔偿）。
风险提示
- 用人单位若未缴社保，需承担全部工伤赔偿（包括一次性伤残补助金、医疗费等），且可能面临行政处罚。
- 员工违章操作虽不影响工伤认定，但可能影响用人单位对其的内部处分（如警告、解雇），需符合《劳动合同法》第三十九条规定的严重违纪情形。
如有进一步疑问（如具体赔偿计算、证据收集等），可直接向我咨询。