公司以绩效考核为由扣工资，一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在以下特定情形：
- 用人单位代扣代缴的个人所得税；
- 用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
- 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
- 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
绩效考核扣工资并不属于上述法定可以扣除工资的情形，因此，从法律层面来看，公司以绩效考核为由扣工资是不合法的。
二、合同角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了绩效工资，并且规定了绩效考核未达标时可以扣除绩效工资，那么公司按照合同约定扣除绩效工资是合法的。但这种情况下，扣除的应当是绩效工资部分，而非基本工资。
- 如果劳动合同中没有约定绩效工资，或者没有规定绩效考核未达标时可以扣除工资，那么公司以绩效考核为由扣工资就是不合法的。
薪资结构合理性：
- 劳动者的月工资收入不得低于当地最低工资标准。在签订劳动合同时，需要计算一下除去绩效工资后，基本工资是否高于当地最低工资标准。如果低于，则明显不合规定。
三、管理角度
绩效考核制度的公示与确认：
- 公司如果决定采用绩效考核管理制度，必须将绩效考核的标准公示给所有员工，并且要让员工在上面签字确认。这是员工对绩效考核制度管理标准的知情权体现。
- 如果公司没有将绩效考核制度公示给员工，也没有让员工签字确认，那么事后以绩效考核未达标为由扣工资就是不合理且可能不合法的。
绩效考核的合理性：
- 绩效考核应当合理、公正、透明。如果绩效考核标准过于苛刻或者存在主观臆断的情况，导致员工无法达到标准而被扣工资，那么这种做法也是不合理的。
四、建议与后果
建议：
- 如果您遇到公司以绩效考核为由扣工资的情况，首先应当查看自己的劳动合同，确认其中是否有关于绩效工资的约定。
- 其次，您可以向公司提出异议，要求公司出示绩效考核制度的相关文件，并确认自己是否已经签字确认。
- 如果公司无法提供合理的解释或者拒绝改正，您可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
后果：
- 如果公司以绩效考核为由非法扣工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、罚款等。
- 同时，公司还可能因为这种行为而损害与员工的关系，导致员工士气低落、工作效率下降等不良后果。
综上所述，公司以绩效考核为由扣工资一般是不合法的。如果您遇到这种情况，应当及时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。