小区违法搭建主要由城乡规划主管部门、乡镇人民政府、物业管理部门以及城市管理综合执法部门等多部门共同管理。具体分析如下：

1. 城乡规划主管部门和乡镇人民政府：

   • 在城市、镇规划区内进行违法建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设并限期改正；无法采取改正措施消除影响的，可限期拆除或没收实物。
   • 在乡、村庄规划区内进行违法建设的，由乡镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可拆除。

2. 物业管理部门：

   • 物业公司有责任维护小区共有秩序，对小区内的违法搭建行为，应首先向物业管理处反映。若物业不作为，业主可通过业主大会或委员会维权。

3. 城市管理综合执法部门：

   • 在部分地区，城乡规划执法权可能划转至城管部门，由其直接行使行政处罚权，调查、处理小区内的违法建筑，并可采取责令停止建设、拆除等措施。

此外，街道综治办也会介入处理此类事件。通常情况下，各地区都设有特定的违章建筑办公室负责处理此项事务。如果违法建设行为超过了约定的拆除期限仍然没有得到妥善处理，那么县级以上的人民政府建设行政主管部门有权利提交申请至当地人民法院，请求启动强制执行程序。

综上所述，小区违法搭建的管理涉及多个部门，各部门根据其职责和法律依据，共同维护小区规划和建设秩序。居民在发现违法搭建时，应及时通过合法途径向相关部门举报，以维护小区的规划和秩序。