车贷逾期三个月，贷款机构有可能会扣车。但具体是否扣车以及扣车的具体时间，主要取决于贷款合同中的具体约定条款、放贷机构的操作流程和策略，以及借款人的还款态度和行动。

一、合同约定与扣车权利

车贷合同中通常会明确列出逾期的相关条款，包括逾期达到一定期限（如60天或90天，也可能更长或更短，具体看合同约定）后，放贷机构有权采取扣车等相应措施。这些条款是双方协商一致的产物，具有法律效力。因此，如果合同中有明确规定逾期三个月可以扣车，那么放贷机构在符合合同约定的情况下是有权扣车的。

二、放贷机构差异与处理流程

不同的金融机构和贷款公司在处理逾期问题上存在差异。一般来说，小型金融公司或贷款公司可能在逾期较短时间且多次催收无果后就会扣车；而银行等大型金融机构则通常会有更规范的流程和相对宽松的处理方式。

在处理逾期时，贷款机构通常会遵循以下流程：

1. 提醒与催收：通过短信、电话等方式多次提醒借款人尽快偿还贷款，并告知可能的后果。
2. 法律诉讼：若借款人连续数月未按时还款，且经多次催收无效，贷款机构有权依法向法院提起诉讼，要求借款人履行还款义务。
3. 强制执行：一旦贷款机构胜诉，法院将依据判决结果强制执行，包括扣押作为抵押物的车辆，并通过拍卖所得来抵偿欠款。

三、特殊情况与应对建议

1. 特殊情况考量：若借款人在逾期后能积极与放贷机构沟通，说明逾期原因（如突发重大疾病、失业等不可抗力因素），并制定出合理的还款计划，放贷机构可能会考虑适当延长还款期限或采取其他灵活措施，暂不扣车。
2. 及时沟通与协商：面对逾期情况，借款人应第一时间与贷款机构取得联系，详细说明逾期原因，并尝试寻求协商解决方案，如减免部分罚息、延长还款期限等。
3. 了解合同条款：借款人在签订合同时应充分了解合同条款内容，特别是关于逾期和违约的部分，以确保自己的权益不受损害。

综上所述，车贷逾期三个月是否会被扣车，需要综合考虑贷款合同中的约定、放贷机构的处理流程以及借款人的还款态度和行动。建议借款人在出现逾期情况时，积极与贷款机构沟通协商，以避免不必要的法律纠纷和损失。