经办人收到工程款后不可以自行处理。具体分析如下：

1. 职务行为与个人行为的区分
   经办人作为公司或项目负责人，其收取工程款的行为属于职务行为，款项所有权归公司或项目方所有。经办人无权将工程款据为己有或擅自支配，否则可能构成职务侵占罪或挪用资金罪，需承担刑事责任。

2. 合同与财务制度的约束
   根据《民法典》合同编及工程建设相关法规，工程款支付需严格遵循合同约定及财务流程。经办人若擅自处理款项，可能违反合同条款，导致公司对承包方或业主方承担违约责任，同时经办人需对公司损失承担赔偿责任。

3. 税务与审计风险
   工程款需纳入公司财务账目，依法纳税。若经办人私自处理款项，可能导致公司账目混乱，面临税务机关处罚。此外，审计时若发现款项去向不明，经办人可能被追究行政责任或民事赔偿责任。

4. 例外情形：授权委托
   若公司通过书面授权委托书明确赋予经办人处理工程款的权限（如支付特定供应商、发放工人工资等），则经办人可在授权范围内行事。但授权范围、期限及资金用途需严格限定，超出部分仍属违规。

建议：

• 公司应完善工程款收付流程，明确经办人权限边界，通过书面文件固定授权内容。
  
• 经办人需严格区分职务行为与个人行为，避免因混淆导致法律风险。
  
• 若发现款项被擅自处理，公司应及时通过法律途径追偿，并向公安机关报案。
  

如有具体案件细节或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。