结论：包工头不认账且不到场的情况下，房主一般不能单方面签字确认协商结果，需通过合法程序解决争议。

1. 协商程序合法性要求
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院组织的协商（调解）需双方当事人或其合法代理人参与。若包工头作为债务人或责任方明确拒绝到场，且未委托授权代理人，房主单方面签字无法产生法律效力。调解协议需双方自愿、合法签署，否则可能因程序瑕疵被撤销。

2. 包工头不到场的处理方式

   • 法院可缺席调解或判决：若包工头经合法传唤无正当理由拒不到场，法院可依据现有证据（如合同、施工记录、证人证言等）进行缺席调解或直接判决。此时房主无需签字，法院文书即具有强制执行力。
     
   • 证据固定是关键：房主需提前收集包工头违约或拒不认账的证据（如聊天记录、录音、书面催告等），以便在包工头缺席时支持己方主张。

3. 房主单方面签字的法律风险
   若房主在包工头未参与的情况下单方面签署调解协议，可能面临以下风险：

   • 协议因缺乏对方意思表示而被认定为无效；
     
   • 包工头事后反悔，房主需通过诉讼重新主张权利，增加时间与成本；
     
   • 若协议涉及第三方利益（如材料供应商），可能引发连带纠纷。

4. 建议操作步骤

   • 申请法院强制调解或判决：向法院提交包工头拒不到场的证据，请求依法处理；
     
   • 完善证据链：固定包工头违约事实及己方损失证明；
     
   • 考虑财产保全：若担心包工头转移财产，可申请诉前或诉中财产保全。

总结：包工头不到场时，房主应通过法院程序推进争议解决，而非单方面签字。如有进一步疑问或需协助整理证据，可直接向我咨询。