土地使用权和地上附属物佣金的收取，需根据交易性质、合同约定及法律规定综合确定，具体分为以下情形：

1. 土地使用权转让的佣金收取

• 法律依据：根据《民法典》第九百六十三条，中介人促成合同成立的，委托人应按约定支付报酬。若未约定，可参考行业惯例或合理范围。
• 实务要点：
  • 约定优先：双方可在中介合同中明确佣金比例（如成交价的1%-5%）或固定金额，需符合当地市场水平。
  • 无约定时的处理：若未约定，法院可能参照《房地产经纪管理办法》第十八条，以“必要、合理”为原则，结合交易复杂程度、工作量等因素酌定。
  • 禁止双边收费：中介不得同时收取买卖双方佣金，除非合同明确约定且双方同意。

2. 地上附属物（如建筑物、设施）交易的佣金收取

• 区分性质：
  • 独立交易：若附属物单独转让（如二手房买卖），佣金按房地产交易惯例收取（通常为成交价的1%-3%）。
  • 捆绑交易：若附属物与土地使用权一并转让，佣金可合并计算，但需在合同中明确分配比例或总额。
• 特殊情形：
  • 工业用地附属物：如厂房、设备等，可能涉及评估价值，佣金可按评估价或成交价的比例协商。
  • 农业用地附属物：如农作物、设施，需区分是否属于土地使用权转让范围，避免重复收费。

3. 合同约定与风险防范

• 明确条款：合同应载明佣金标准、支付时间（如过户后X日内）、违约责任（如逾期支付违约金）。
• 风险点：
  • 无效约定：若佣金比例显著高于市场水平（如超过5%），可能被认定为“显失公平”，法院可调整。
  • 跳单责任：若委托人绕过中介成交，中介可依据《民法典》第九百六十五条主张全额佣金。

4. 税务合规

• 增值税：中介服务费需按“经纪代理服务”缴纳增值税（一般纳税人6%，小规模纳税人3%）。
• 个人所得税：中介个人取得佣金需按“劳务报酬所得”缴纳个税（预扣率20%-40%）。

建议：交易前签订书面中介合同，明确佣金标准及支付条件；若发生纠纷，可依据合同及法律规定主张权利。如有具体案例或合同条款需审查，可直接向我咨询。