农用土地有国土使用证的情况下，其使用期限主要取决于土地的具体用途和承包方式。以下是对此问题的详细分析：
一、土地用途与使用期限的关系
根据现行法律规定，土地的使用期限是根据土地用途来决定的。对于农用土地，其使用期限通常与土地的承包期限相关联。具体来说：
耕地：家庭承包的耕地的承包期为三十年。承包期届满后，可以再延长三十年。这意味着，如果农用土地是耕地，并且是通过家庭承包方式获得的，那么其使用期限至少为三十年，并有可能延长。
草地与林地：草地的承包期为三十年至五十年，林地的承包期为三十年至七十年。承包期届满后，也会依法相应延长。因此，如果农用土地是草地或林地，其使用期限将根据承包期的具体规定来确定。
二、承包方式与使用期限的关系
农用土地的使用期限还受到承包方式的影响。在我国，农用土地的承包方式主要包括家庭承包和其他方式承包（如招标、拍卖、公开协商等）。
家庭承包：对于家庭承包的农用土地，其使用期限通常与承包期限一致，即耕地三十年、草地三十年至五十年、林地三十年至七十年。
其他方式承包：对于不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农用土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。这些方式的承包期限可能因具体情况而有所不同，但通常也会遵循一定的年限规定。
三、特殊情况下的使用期限
国有土地长期租赁：如果农用土地是通过国有土地长期租赁方式获得的，那么其租赁期限由租赁合同约定，但最长租赁期限不得超过法律规定的同类用途土地出让最高年限。不过，这种情况在农用土地中相对较少见。
土地承包经营权流转：在土地承包经营权流转的情况下，流转期限不得超过承包期的剩余期限。这意味着，如果农用土地已经通过承包方式获得了使用权，并且后续发生了流转，那么流转后的使用期限将受到原承包期限的限制。
四、法律建议
了解土地用途和承包方式：在获得农用土地使用权之前，应详细了解土地的具体用途和承包方式，以便准确判断其使用期限。
签订书面合同：无论是通过家庭承包还是其他方式承包农用土地，都应签订书面合同，明确双方的权利和义务，包括使用期限、流转条件等。
遵守法律法规：在使用农用土地的过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，不得擅自改变土地用途或进行非法流转等行为。
如有任何关于农用土地使用期限或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。