在机动车事故中，若乙方被认定为全责，甲方通常有权指定维修店进行车辆维修，但这一权利并非绝对，需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、甲方指定维修店的合理性基础
合同自由原则：在交通事故处理中，甲方作为受损方，有权选择对自己最为便利、信任的维修店进行车辆修复。这种选择权是基于合同自由原则，即当事人有权根据自己的意愿选择合同相对方和合同内容。
损失最小化原则：甲方选择维修店时，往往会考虑维修质量、价格、时间等因素，以尽量减少自己的损失。若乙方全责，甲方选择维修店的行为，可以视为是在合理范围内行使自己的权利，以实现损失的最小化。
二、甲方指定维修店可能面临的限制
保险条款限制：如果甲方车辆投保了车损险，且保险公司对维修店有指定或限制，那么甲方在选择维修店时可能需要遵守保险合同的约定。不过，这并不意味着甲方完全丧失了选择权，而是需要在保险公司的指定范围内进行选择，或者与保险公司协商确定维修店。
维修质量与费用争议：若甲方指定的维修店维修质量不佳或费用过高，乙方（或其保险公司）可能会提出异议。在这种情况下，甲方需要提供充分的证据证明维修店的合理性和必要性，否则可能面临维修费用不被认可的风险。
三、实际操作建议
与乙方协商：在事故发生后，甲方可以与乙方就维修店的选择进行协商。如果乙方同意甲方指定的维修店，那么双方可以签订书面协议，明确维修店名称、维修项目、费用等事项，以避免后续争议。
考虑保险公司意见：如果甲方车辆投保了车损险，那么在选择维修店时，最好与保险公司进行沟通。保险公司可能会根据维修店的资质、信誉等因素给出建议，或者提供指定的维修店供甲方选择。
保留相关证据：无论甲方选择哪家维修店进行维修，都应保留好维修发票、维修清单等证据。这些证据在后续处理事故赔偿时将起到重要作用。
四、法律后果
如果甲方在未经乙方同意的情况下擅自指定维修店进行维修，且维修费用过高或维修质量不佳，那么乙方（或其保险公司）可能会拒绝承担全部或部分维修费用。在这种情况下，甲方可能需要通过法律途径来解决争议，这无疑会增加甲方的维权成本和时间成本。
因此，虽然甲方在乙方全责的情况下有权指定维修店进行车辆维修，但这一权利的行使需谨慎考虑各种因素，并尽量与乙方和保险公司进行协商和沟通。如果您在处理此类事故时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。