对于非法企业，多个部门都有可能根据其违法行为进行立案。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 市场监管部门：

   • 市场监管部门是负责监管市场秩序、打击非法经营行为的主要机构。如果非法企业涉及无照经营、超范围经营、虚假宣传等违法行为，市场监管部门有权对其进行立案调查，并依法给予行政处罚。

2. 税务部门：

   • 税务部门负责税收的征收和管理。如果非法企业存在偷税、漏税、骗税等税收违法行为，税务部门有权对其进行税务稽查，并根据稽查结果决定是否立案。税务立案后，企业可能面临罚款、滞纳金等处罚，甚至可能被追究刑事责任。

3. 公安机关：

   • 公安机关是维护社会治安、打击犯罪的重要力量。如果非法企业的行为涉嫌犯罪，如非法集资、诈骗、传销等，公安机关有权对其进行刑事立案，并展开侦查工作。一旦查实犯罪行为，企业及相关责任人将面临刑事处罚。

4. 其他相关部门：

   • 根据非法企业的具体违法行为，还可能涉及其他相关部门的立案。例如，如果非法企业涉及环境污染、安全生产等问题，环保部门或安全生产监管部门可能对其进行立案调查；如果涉及知识产权侵权，知识产权管理部门也可能介入。

法律建议：

• 对于非法企业而言，一旦被多个部门立案调查，将面临严重的法律后果。因此，企业应严格遵守法律法规，确保合法经营。
• 如果企业发现自身存在违法行为或可能面临立案调查的风险，应及时咨询专业律师，了解法律后果，并积极配合相关部门的调查工作，争取从轻或减轻处罚。

可能的法律后果：

• 非法企业一旦被立案调查并查实违法行为，将面临行政处罚、刑事处罚等多种法律后果。这些后果不仅可能影响企业的正常经营，还可能对企业的声誉和未来发展造成严重影响。

如果您或您的企业面临类似问题，或有任何关于公司法务的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。