结论前置：台风天停工，一般情况下不应扣工资，但具体是否扣工资需结合公司的规定、停工原因及实际情况来判断。
法律分析
《工资支付暂行规定》的保障：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。台风作为不可抗力的自然灾害，导致的放假并非劳动者原因，因此用人单位一般不得扣除劳动者的工资。
不同用工情形下的工资支付：
- 标准工时制员工：若企业根据政府相关部门的通知因台风安排放假，这属于非劳动者原因造成的停工，企业应按照劳动合同约定的标准支付工资。
- 计件工资制员工：台风放假期间，由于非员工个人原因导致无法进行生产计件，企业通常也不应扣发工资，可按照当地最低工资标准或劳动合同约定的基本保障工资进行支付。
- 综合工时制和不定时工时制员工：在综合计算周期内，因台风放假导致工作时间减少，但总工作时间未超过法定标准工作时间时，企业不应扣工资。不定时工时制员工，一般情况下，因台风放假不涉及扣工资问题，但需遵循劳动合同约定和企业相关规定。
公司规定与实际情况的影响：
- 公司可能因经营需要，在台风期间也要求员工上班。此时，若员工未按要求到岗，可能会被视为旷工，进而可能导致工资被扣。但这种情况并非因台风放假本身导致，而是员工未遵守公司规定。
- 若企业在未收到政府停工通知的情况下，出于员工安全考虑自行决定放假，工资支付则需依据企业的具体规定。部分企业可能全额支付，部分则可能按实际出勤天数计算。
实际操作建议
了解公司规定：
- 员工应提前了解公司的具体规定，包括在台风等自然灾害情况下的工资支付政策。如有疑问，应及时咨询人事部门，以避免不必要的误解和纠纷。
保留相关证据：
- 在台风放假期间，员工应保留好相关证据，如政府发布的停工通知、公司发布的放假通知等，以备不时之需。
与用人单位沟通：
- 若员工对工资支付有异议，应与用人单位进行沟通，协商确定具体的工资支付方式。若协商无果，可依法向当地劳动部门投诉或申请劳动仲裁。
可能的法律后果
- 若用人单位违反规定扣发工资，劳动者可依法向当地劳动部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣发的工资及可能的赔偿金。
- 根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。
总结：台风天停工，一般情况下不应扣工资，但具体是否扣工资需结合公司的规定、停工原因及实际情况来判断。员工应了解公司规定，保留相关证据，并与用人单位进行沟通，以确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。